Santo Tomé del Puerto ist eine Gemeinde in der spanischen Provinz Segovia. Sie liegt im Süden der Autonomen Region Kastilien und León, an der Nordwestabdachung der Sierra de Guadarrama. Sie hat 252 Einwohner. Die Gemeinde Santo Tomé del Puerto besteht aus den Ortschaften La Rades, Rosuero, Siguero, Sigueruelo und Villarejo sowie der Wüstung Aldealapeña. Der Verwaltungssitz befindet sich in Villarejo.