Rautenhausen ist der nach Einwohnerzahl kleinste Ortsteil der Stadt Bebra im osthessischen Landkreis Hersfeld-Rotenburg. Das Dorf liegt nordöstlich der Kernstadt Bebra im Richelsdorfer Gebirge. Südöstlich des Ortes verlaufen die Bundesstraße 27 zwischen Bebra und Sontra und die Bahnstrecke Bebra–Göttingen.