Das Naturschutzgebiet Dhünnaue (Südkreis) liegt im Stadtteil Schildgen von Bergisch Gladbach. Es umfasst den Lauf der Dhünn auf einer Strecke von rund 900 m am linken Ufer der Dhünn zwischen der Stadtgrenze zu Odenthal in Hoverhof und der Stadtgrenze zu Leverkusen in Hummelsheim. Die rechte Uferseite der Dhünn liegt im Naturschutzgebiet Dhünn (LEV-016) auf Leverkusener Gebiet. Nach Osten grenzt das Naturschutzgebiet Dhünnaue (GL-028) auf Odenthaler Gemeindegebiet an und ist als Lebensraum mit dem Gewässersystem des Eifgenbachs vernetzt, der in Altenberg in die Dhünn fließt.