Der Mösersche See schließt sich westlich an den Breitlingsee an, von dem er durch die Inseln Kiehnwerder und Buhnenwerder getrennt ist. Wie der Breitlingsee gehört er als Bundeswasserstraße zur Unteren Havel-Wasserstraße und zählt vom Breitlingsee bis Kirchmöser Ost zur Wasserstraßenklasse III. Zuständig ist das Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Spree-Havel.