Misy-sur-Yonne ist eine französische Gemeinde mit 868 Einwohnern im Département Seine-et-Marne in der Region Île-de-France. Die Gemeinde liegt am Fluss Yonne, fünf Kilometer östlich von Montereau-Fault-Yonne an der Grenze zum Département Yonne. Misy-sur-Yonne gehört zum Gemeindeverband Pays de Montereau.