Der Kootenay River oder Kootenai River ist ein 780 km langer orographisch linker Nebenfluss des Columbia River in der kanadischen Provinz British Columbia und in den US-Bundesstaaten Montana und Idaho. Er entwässert ein Gebiet von 50.300 km² und hat eine mittlere Abflussmenge von 868 m³/s. Sein Name geht auf die hier ansässigen Kutenai oder Ktunaxa zurück.