Fontenay-sur-Conie ist eine französische Gemeinde im Département Eure-et-Loir in der Region Centre-Val de Loire. Sie gehört zum Kanton Villages Vovéens und zum Arrondissement Châteaudun. Nachbargemeinden sind Éole-en-Beauce im Norden, Tillay-le-Péneux im Osten, Loigny-la-Bataille im Südosten, Orgères-en-Beauce im Süden und Courbehaye im Südwesten.