Flogny-la-Chapelle ist eine französische Gemeinde mit 938 Einwohnern im Département Yonne in der Region Bourgogne-Franche-Comté. Sie gehört zum Arrondissement Avallon, zum Kanton Tonnerrois und zum Gemeindeverband Le Tonnerrois en Bourgogne. Die Bewohner nennen sich selbst Capello-Floviniens.