Wilhelm Deecke besuchte das Lübecker Katharineum, an dem sein Vater Ernst Deecke Lehrer war. Nach dem Studium der Philologie in Leipzig und Berlin war er von 1855 bis 1870 Direktor der Ernestinenschule, einer höheren Mädchenschule in Lübeck.[1] Er wurde in Leipzig zum Dr. phil. promoviert und war ab 1870 Oberlehrer in Elberfeld, 1871 Konrektor des Lyzeums in Straßburg, dessen Leitung er 1879 übernahm. Wegen eines Streits mit der vorgesetzten Behörde und dem Statthalter Edwin von Manteuffel über die Schulpolitik (Deecke war gegen Konfessionsschulen) wurde er 1884 als Schulleiter an das Gymnasium in Buchsweiler zwangsversetzt.[2] 1889 wurde er Direktor des Gymnasiums in Mülhausen. Der als „Urwalddoktor von Lambarene“ bekannte Albert Schweitzer war in der Prima sein Schüler.[3]
Seit seinem Eintritt in die von seinem Vater geleitete Lübecker Loge Zum Füllhorn 1850 war Deecke als Freimaurer aktiv. 1873 war er einer der Begründer der Straßburger Loge Zum treuen Herzen und bis 1879 ihr Meister vom Stuhl. Auf nationaler Ebene gehörte er der Großen Landesloge der Freimaurer von Deutschland an.
Wilhelm Deecke war verheiratet mit Therese Struve (1844–1916). Sie hatten drei Kinder. Der älteste Sohn war der Geologe Wilhelm Deecke. Therese Deecke hat Lebenserinnerungen hinterlassen, von denen Teile veröffentlicht wurden.[5]
Rede zur 25jährigen Jubelfeier des Deutschen Reiches am 18. Januar 1896. Verlag Wenz & Peters, Mühlhausen 1896, als PDF downloadbar
Beiträge zur Auffassung der lateinischen Infinitiv-, Gerundial- und Supinum-Konstruktionen. In: Jahresbericht des Gymnasiums zu Mülhausen i. E. Wenz & Peters, Mülhausen 1890 (uni-duesseldorf.de).
Die griechischen und lateinischen Nebensätze, auf wissenschaftlicher Grundlage neu geordnet. Decker, Colmar 1887, urn:nbn:de:hbz:061:1-119689.
Ueber das indische Alphabet in seinem Zusammenhange mit den übrigen südsemitischen Alphabeten. In: Zeitschrift der Deutschen Morgenländischen Gesellschaft. Band31. Leipzig 1877, S.598ff. (uni-halle.de).
Die deutschen Verwandtschaftsnamen. Eine sprachwissenschaftliche Untersuchung nebst vergleichender Anmerkungen. Herman Böhlau, Weimar 1870 (hathitrust.org).
Carl Pauli: Wilhelm Deecke, in: Beiträge zur Kunde der indogermanischen Sprachen 25 (1899), S. 296–311 (mit Schriftenverzeichnis)
Franz Kössler: Personenlexikon von Lehrern des 19. Jahrhunderts. Berufsbiographien aus Schul-Jahresberichten und Schulprogrammen 1825–1918 mit Veröffentlichungsverzeichnissen, Band: Daase - Dzialas. Universitätsbibliothek Gießen, 2008, (Digitalisat).
Theodor Maurer: Zum Falle Deecke, Offenes Schreiben eines deutschen Gymnasiallehrers an den Gen. Feldmarschall Frhr. von Manteuffel, J. Diemer, Mainz 1884.
Albert Schweitzer: Aus meinem Leben und Denken, Richard Meiner, Hamburg, 1956, S. 9. und Albert Schweitzer, Aus meiner Kindheit und Jugendzeit, C.H. Beck’sche Verlagsbuchhandlung, München (Copyright 1924), 1951, 88. bis 93. Tausend, Seite 46.