Ihre erfolgreichste Komposition wurde das Terezin Ghetto Requiem, das 1998 beim Warwick and Leamington Festival uraufgeführt und im Folgejahr erneut gespielt wurde und Aufführungen u.a. in der Wigmore Hall in London hatte. Nach der Aufführung beim Prager Frühling 2000 erhielt Bodorová den Kompositionsauftrag für das Oratorium Juda Maccabeus zur Aufführung 2002 im Veitsdom. Für die Camerata Bern komponierte sie das Violinkonzert Silberwolke, für die Prager Philharmoniker und den Pianisten Martin Kasík das Klavierkonzert Come d´accordo (2005) und für das Internationale Smetana-Festival in Litomyšl das Oratorium Moses. Die Luxembourg Sinfonietta gab ihr für die Uraufführung 2010 den Auftrag zu der Komposition Kafkas Träume.
Vůně léta, Miniattacca für Flöte und Klavier, 1976
Baltické miniatury für Gitarre solo, 1979
Pohádky jen tak für Flöte und Gitarre, 1980
Musica dedicata di Due Boemi di Praga, 1980
Gila Rome, Meditation für Solovioline, 1980
Saluti da Siena für Klarinette solo, 1981
Plankty für Viola und Orchester, 1982
Zápas s andelem, Melodram für Männerstimme und Streicher nach Texten von Jaroslav Seifert, 1982
Pontem video, Konzert für Orgel, Streicher und Perkussion, 1983
Předobrazy, Fresken für Klaviertrio, 1983
Kovadliny, Meditation für Due Boemi di Praga und Bläserquintett, 1984
Tre canzoni da suonare für Gitarre und Streicher, 1985
Fialový notýsek für Gitarre solo, 1985
Panamody für Flöte und Klavier oder Streicher, 1986
Magikon für Oboe und Klavier oder Streicher, 1987
Dignitas homini, Streichquartett, 1987
Elegie für Gitarre solo, 1988
Pocta Kryštofu Columbovi, Elegie für Gitarre solo, 1988
Léthé für Flöte solo, 1989
Messaggio, Konzert für Violine und Orchester, 1989
Dža more, Zigeunerballade für Gitarre solo, 1990
Sostar mange Zigeunerballade für Gitarre solo, 1991
Ancora una volta primavera, Sonate für Violine und Klavier, 1992
Ventimiglia für Trompete und sechs Perkussionisten, 1992
La Speranza für Klarinette, Cello und Klavier, 1993
Rosa triste für Solovioline, 1993
Dona nobis lucem, Konzert für Sopran, Violine, Gitarre und Streicher, 1994
Laugaritio für Fagott solo, 1994
Hélios für Flöte, Oboe, Fagott, Cello und Cembalo oder Flöte, Violine, Cello und Klavier, 1994
Concerto dei Fiori, Konzert für Violine und Streicher, 1996
Terezín Ghetto Requiem für Bariton und Streichquartett, 1998
Ama me, Liederzyklus, 1999
Concierto de Estío für Gitarre und Streicher, 1999
Saturnalia für Sinfonieorchester, 1999
Shofarot, Streichquartett, 2000
Plegaria – Modlitba für Gitarre solo, 2000
Juda Maccabeus, Oratorium, 2002
Vivat Mozart!, Hommage á Mozart für Bläser und Perkussion, 2002
Mysterium druidum, Konzert für Harfe und Streicher, 2003
Ave Noël, Weihnachtslied für Sopran oder Tenor und Orchester, 2003
Wenn wir in höchsten Nöten – Die Kunst der Fuge für zwei Streichquartette und Harfe, 2004
Vertumnus Pet obrazu z Rudolfinské Prahy für Bläserquintett, 2004
Sadaj, slnko, sadaj, sieben slowakische Lieder für Sopran, Tenor, Harfe und Klavier, 2005
Silberwolke, Konzert für Violine, Viola und Streichorchester, 2005
Come d´accordo Konzert für Klavier und Orchester, 2006
Amor tenet omnia für gemischten Chor, zwei Klaviere und Perkussion nach den Carmina Burana, 2007
Mojžíš, Oratorium für Sopran, Tenor, Bariton, zwei Sprecher, Perkussion, Kinder- und gemischten Chor und großes Orchester, 2008
Karlovarská předehra für Sinfonieorchester, 2008
Carmina lucemburgiana für Streicher – zum Andenken an Johannes den Blinden, 2009
Raffiche di vento für Flöte, Bratsche und Cello, 2009
JA RA LAJ, 27 Stücke für Tenor, Violine, Viola, Klarinette, Harfe, Perkussion und Streicher, 2009
Jabloňový vlak, Sieben Lieder nach Jan Skácel für Sopran und Klavier, 2009
Babadag, Konzert für Klarinette und Streicher, 2010
Sinfonie No. 1 "Con le campane" für sinfonisches Orchester und Schlagzeug, 2011
Lingua angelorum, Liederzyklus für Bariton und Sinfonieorchester, Auftragswerk von und für Thomas Hampson, 2012
