Als Ordinarius von 1897 bis 1911 und als Nachfolger Köllikers dem Anatomischen Institut ab 1902 vorstehend[4] baute Stöhr in Würzburg eine führende Schule der wissenschaftlichen Histologie und Embryologie auf.[5] Stöhr, der auch als Dekan[6] und Rektor der Universität[7] wirkte, verfasste das erste für Medizinstudenten brauchbare Lehrbuch der Histologie, das bis 1912 fünfzehn Auflagen erlebte und bis 1969 (30. Auflage) weitergeführt wurde.
mit Carl Hasse, G. Born, H. Strasser: Das näturliche System der Elasmobranchier auf Grundlage des Baues und der Entwicklung ihrer Wirbelsäule. G. Fischer, Jena 1879–1885 doi:10.5962/bhl.title.8431
ins Englische übersetzt von Emma L. Billstein, bearbeitet von Alfred Schaper: Text-book of histology, including the microscopical technique. P. Blakiston, Philadelphia 1896 doi:10.5962/bhl.title.44145
ins Englische übersetzt von Frederic T. Lewis: Stöhr’s Histology. P. Blakiston’s Son & Co., Philadelphia 1910. doi:10.5962/bhl.title.1207 (Übersetzung der 12. deutschen Auflage)
ins Englische übersetzt von Frederic T. Lewis: A text-book of histology. P. Blakiston’s Son & Co., Philadelphia 1913. doi:10.5962/bhl.title.29720doi:10.5962/bhl.title.1215 (Übersetzung der 15. deutschen Auflage).
Die Beziehungen zwischen Universität und Julius-Spital. Festrede zur Feier des dreihundersechsundzwanzihjährigen Bestehens der Königl. Julius-Maximilians-Universität zu Würzburg, gehalten am 11. Mai 1908. Stürtz, Würzburg 1908; auch in Würzburger Journal. Band 63, Nr. 129 und 130 vom 12. und 13. Mai 1908.
Reinhard Lerner: Philipp Stöhr 1849–1911. In: Hugo Freund, Alexander Berg (Hrsg.): Geschichte der Mikroskopie: Leben und Werk großer Forscher. Band 2 (Medizin), Umschau, Frankfurt am Main 1964, S. 383–388.
Stöhr, Philipp. In: Hans-Michael Körner (Hrsg.): Große Bayerische Biographische Enzyklopädie. 4 Bände. Saur, München 2005, Bd. 3, S. 1906 (online).
Reinhard Hildebrand: Rudolf Albert von Koelliker und sein Kreis. In: Würzburger medizinhistorische Mitteilungen. Band 3, 1985, S. 127–151, hier: S. 141.
Andreas Mettenleiter: Das Juliusspital in Würzburg. Band III: Medizingeschichte. Herausgegeben vom Oberpflegeamt der Stiftung Juliusspital Würzburg anlässlich der 425jährigen Wiederkehr der Grundsteinlegung. Stiftung Juliusspital Würzburg (Druck: Bonitas-Bauer), Würzburg 2001, ISBN 3-933964-04-0, S. 560.
Johannes Thaler: Die Zukunft der Juliusspital-Stiftung zu Würzburg. Ein Beitrag zur Würzburger Krankenhausfrage, zugleich eine Erwiderung auf die Festrede des Rector Magnificus Dr. med. Phil. Stöhr. Bearbeitet von Freunden der Stiftungs-Berechtigten. Fränkische Gesellschafts-Druckerei, Würzburg 1908.