Kondakow studierte 1861 bis 1865 an der Lomonossow-Universität bei dem Slawisten, Literatur- und Kunsthistoriker Fedor Iwanowitsch Buslajew (1818–1897) und lehrte 1870 bis 1888 an der Universität von Odessa. Seine erste Veröffentlichung erfolgte 1876 über byzantinische illuminierte Handschriften. Ab 1888 lehrte er an der Universität in Sankt Petersburg. Er beschäftigte sich dort insbesondere mit frühmittelalterlicher russischer Kunst. Auch lehrte er an den Bestuschew-Kursen für Frauen. 1891 führte er eine archäologische Expedition nach Palästina und Syrien durch, an der auch der Maler Alexei Danilowitsch Kiwschenko teilnahm. 1900 bis 1917 lehrte er an der Akademie der Künste in Sankt Petersburg bzw. Petrograd. 1900 wurde er ordentliches Mitglied der Russischen Akademie der Wissenschaften. Nach der Oktoberrevolution ging er 1920 nach Prag und lehrte dort an der Universität.
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Recueil d'études, dédiées à la mémoire de N. P. Kondakov: Archéologie. Histoire de l'art. Études byzantines (Sbornik statej, posvjascennych pamjati N. P. Kondakova. Archeologija, istorija iskusstva, vizantinovedenie). Prag, Seminarium Kondakovianum 1926. Inhaltsverzeichnis
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Irina L. Kyzlasova: Мир Кондакова: Публикации. Статьи. Каталог выставки (Mir Kondakova: publikacii, stat'i, katalog vystavki). Moskau, Russkij Put' 2004, ISBN 5-85887-146-1
