Deininger war der Sohn von Johann Deininger, Seidenfabrikant in Wien und Maria (geb. Nessler), einer Arzttochter aus Tannowitz bei Nikolsburg (Mikulov) in Mähren.
Die Herkunft der Familie Deininger war Bayern. Der Wiener Architekt Julius Deininger war sein Bruder.
Deininger besuchte die k.k. Oberrealschule und Technische Hochschule in Wien, Abteilung für Architektur bei Heinrich von Ferstl. Ab 1871 war er Student an der Wiener Akademie der Bildenden Künste, Abteilung für Architektur bei Friedrich von Schmidt. Er erhält 1872 ein Stipendium und macht damit eine Studienreise nach Italien.
1872 diente Deininger als Lieutenant in der Reserve des II.Genie-Regiments. Von Ende 1872 bis Beginn 1876 arbeitete er als Architekt bei der I.Wiener Baugesellschaft. Ab 1876 war er technischer Beamter der kaiserlichen Schlossverwaltung Ambras. Deininger leitete die k.k. gewerbliche Zeichen- und Modellierschule in Innsbruck-Dreiheiligen. Im Jahre 1882 wurde diese Lehranstalt zur Staatsgewerbeschule umgewandelt. Daraufhin wurde in der Anichstraße ein neues Gebäude errichtet. In der Folge wurde er dort zum Direktor ernannt und leitete somit auch die Filialfachschule in Hall in Tirol. Er erfüllte diese Aufgabe bis 1906. Von 1884 bis 1912 war Deininger zuerst Konservator, dann Landeskonservator für Tirol und Vorarlberg. Der Architekt heiratete 1885 die Künstlerin Gabriele Maria Deininger-Arnhard. Sie wohnten in der Franz-Fischer-Straße9 in Wilten. Das einstige Wohnhaus ist heute durch einen Neubau ersetzt.
Deininger war ein überaus großer Förderer des Kunsthandwerks in Tirol (zum Beispiel: der Schwazer Majolikafabriken). Er begründete den Tiroler Gewerbeverein mit. Von 1890 bis 1926 war er Vorstand des Tiroler Kunstvereins und hatte deshalb maßgebenden Einfluss auf die Verleihung des Tiroler Kunststipendiums durch die Landesregierung. 1893 erfolgte die Ernennung zum Regierungsrat. Seine volkskundlichen und historischen Interessen mündeten in verschiedenen architektonischen Projekten und Publikationen mit eigenen Zeichnungen. Er betätigte sich vor allem umfangreich als Restaurator in ganz Tirol. Kritische Stimmen zu Restaurierungsmaßnahmen gab es schon zu Lebzeiten (Patinakrieg, Restaurierungen des Leopoldsbrunnens und des Galerieneinbaus im Landtagsaal, „Figuren-Scheuerung“ in der Hofkirche).
von 1878 bis 1885 Restaurierung der Fassadendekoration des Spanischen Saales und der Waffensäle im Untergeschoss in Schloss Ambras
1879 Entwurf zu einem gotischen Altar für die Pfarrkirche in Hall
1880 Entwurf zu einem Aussichtspavillon am Bergisel
1897 Entwurf für eine Kapelle am Tummelplatz zu Amras
von 1881 bis 1896 Restaurierung der Hofkirche in Innsbruck und ihrer Ausstattung: Freilegung der Außenseite des „Fürstenchores“ und der Gemälde an der alten Orgel und der alten Uhr aus dem 16. Jahrhundert.
Turmbauten, -umbauten und -vergrößerungen der Servitenkirche (1899 und 1906) und der Jesuitenkirche (1901) in Innsbruck
Entwürfe zu diversen Altären und Grabdenkmälern in Tirol
Entwürfe für Glasmalerei- und Mosaikarbeiten und zahlreiche Entwürfe für kunstgewerbliche Objekte in verschiedensten Materialien
1878 1. Kunstgewerbliche Ausstellung in Tirol
1893 1. Tiroler Landesausstellung: Erstellung eines Südtiroler Torggel- und Unterinntaler Bauernhauses, diverse eigene Aquarelle
1900 Weltausstellung Paris: Tiroler Edelsitz („Chateau Tyrolien“), er leitete die Installation der Tiroler Ausstellungsobjekte
Kunstschätze aus Tirol. Wien 1887.
Das Bauernhaus in Tirol und Vorarlberg. Wien 1894.
Tiroler Volkskunst. Innsbruck 1914.
Artikel: Architektur in Tirol, einschließlich der Burgen und Schlösser und Kunst- und Hausindustrie in Tirol und Vorarlberg (beide mit eigenen Illustrationen) in: Die Österreichisch-Ungarische Monarchie in Wort und Bild, Tirol und Vorarlberg. Wien 1893.
diverse Artikel in Mitteilungen des Österreichischen Museums, Mitteilungen des Tiroler Landesarchivs 1914 und Mittheilungen der Zentralkommission für Kunst- und historische Denkmale.
Wiener Bau-Industrie-Zeitung. 1889, 7, 46.
Architektonische Rundschau. 16, Nr. 9, 1900, Taf. 68.
Deininger, Johann W. In: Hans Wolfgang Singer (Hrsg.): Allgemeines Künstler-Lexicon. Leben und Werke der berühmtesten bildenden Künstler. Vorbereitet von Hermann Alexander Müller. 5. unveränderte Auflage. Band5: Vialle–Zyrlein. Nachträge und Berichtigungen. Literarische Anstalt, Rütten & Loening, Frankfurt a.M. 1921, S.67 (Textarchiv– Internet Archive– Nachträge).
Patrick Werkner: Villen-Architektur der Gründerzeit in Innsbruck. Innsbruck 1979.
Rudolf Schmidt:Deininger, Johann. In: Österreichisches Künstlerlexikon: von den Anfängen bis zur Gegenwart. Band1: A.A. bis Dressler, Peter. Nachtr. A–D. Edition Tusch, Wien 1980, ISBN 3-85063-007-2, S.399 (Textarchiv– Internet Archive– Leseprobe).