Geboren wurde Johann Wolfgang Baumgartner in Tirol und er erlernte in Salzburg die Hinterglasmalerei. Nachdem er seinen Wirkungskreis nach Bayerisch-Schwaben verlegte, wird er der Augsburger Schule zugerechnet.
Als größtes und bedeutendstes Werk Baumgartners wird das Deckengemälde in der Wallfahrtskirche Heilig Kreuz des ehemaligen Klosters Bergen angesehen.
Deckenfresken der Wallfahrtskirche St. Maria zum Berge Karmel in Baitenhausen bei Meersburg am Bodensee, 1760
Deckenfresken in der Beichtkapelle (Schmerzenskapelle) St. Maria Loreto in Westheim
Bruno Bushart, Friedrich Kaess: Kloster Bergen bei Neuburg an der Donau und seine Fresken von Johann Wolfgang Baumgartner. 1981
Peter Stoll, Heide-Maria Krauthauf: Johann Wolfgang Baumgartner und der 'Heilige Albert von Trapani' in der ehemaligen Schongauer Karmelitenkirche. In: Der Welf: Jahrbuch des Historischen Vereins Schongau – Stadt und Land 10 (2008/09), S. 177–194. (Digitalisat)
Peter Stoll: Kreuzerhöhungen: Die Fresken Johann Wolfgang Baumgartners in Bergen und Christian Thomas Winks in Loh. In: Deggendorfer Geschichtsblätter: Veröffentlichungen des Geschichtsvereins für den Landkreis Deggendorf 29 (2007), S. 67–94. (Volltext)
Peter Stoll: Anton Wintergerst kopiert Johann Wolfgang Baumgartner. Universitätsbibliothek, Augsburg 2013 (Volltext)