Er war der Sohn von Lorenz Habermann und Martha, geb. Grifftl. 1540 kam Habermann nach Wittenberg, um Theologie zu studieren. Dort erwarb er sich am 4. August 1558 den akademischen Grad eines Magisters. In den nächsten zwei Jahrzehnten war er als Pfarrer in Kursachsen in Elsterberg, Plauen und von 1560 bis 1564 als Diakon am Dom in Freiberg tätig. 1564 nahm er eine Pfarrstelle in Falkenau bei Eger an, wurde am 17. März 1566 von Paul Eber als Diakon in Falkenau ordiniert und wechselte von dort 1573 als Professor an die Universität Jena. Er erhielt die Berufung aufgrund seiner intensiven Beschäftigung mit der hebräischen Sprache, seiner hebräischen Grammatik und seines hebräischen Wörterbuches. 1574 wurde er in Jena Doktor der Theologie, im nächsten Jahr Professor an der Universität Wittenberg (Leucorea) und schließlich 1576 Superintendent in Naumburg und Zeitz.
Als solcher nahm er an den Verhandlungen über die Einführung des Konkordienbuches teil. Ihm fiel die Aufgabe zu, als kurfürstlicher Kommissar 1581 das Konkordienbuch den Wittenberger Professoren zur Unterschrift vorzulegen. Als angesehener großer Gelehrter seiner Zeit, veröffentlichte er auch eine Reihe von Predigten, die jedoch bald vergessen waren. Dagegen fand sein Gebetbüchlein Christliche Gebet, für alle Not und Stende der gantzen Christenheit , ungewöhnlich starke Verbreitung. Im Verlauf von drei Jahrhunderten ist dieses Büchlein, das so sehr dem Bedürfnis in Nord- wie in Süddeutschland entsprach, in allen europäischen Sprachen immer wieder aufgelegt und als tägliches Erbauungsbuch benutzt worden. Das „Habermännle“ wurde zu einem Begriff.
Grammatica hebraica. Wittenberg 1570, 1575 und öfter
Liber radicum sive Lexicon hebraicum. Wittenberg 1568, 1588
Christliche Gebet, für alle Not vnd Stende der gantzen Christenheit, außgetheilet auff alle Tag inn der Wochen zu sprechen. 1565 und zahlreiche Auflagen und Übersetzungen bis in das 20. Jahrhundert (Ausgaben).
Trostbüchlein für kranke, betrübte und angefochtene Christen. Wittenberg 1567 und öfter
Jens Lyster: Johannes Avenarius (Habermann), Johannes Mathesius und Nicolaus Selnecker als Vorbilder für den dänischen Theologen und Liederdichter Hans Christensen Sthen (1999), in: Jahrbuch für Liturgik und Hymnologie 2012, Seite 222–233
Jens Lyster: Avenarii bönner i Sthens oversättelse. Paa sporet af den danske bönnebogs 1. udgave 1571 [Avenarii Gebete in Sthens Übersetzung, nach der ersten Ausgabe des dänischen Gebetbuch von 1571] in: Kirkehistoriske Samlinger, Akademisk Forlag, Kopenhagen 1976, Seite 67–83.
Christelige oc vdkaarne Bøner og En Liden Haandbog, udgivet af Jens Lyster under medvirken af Jens Højgård, in: Hans Christensen Sthens Skrifter II, C.A.Reitzels Forlag, København 2003, Seite 13–288 [Herausgebung der dänischen Übersetzung 1571 des Gebetbuches. Mit Kommentar (u.a. Bibelstellen), Nachschrift u. Tradierung]
Johann Habermann, Christliche Gebet für alle Not und Stende der gantzen Christenheit, hrsg., komm. und mit einem Nachw. vers. von Johann Anselm Steiger. Unter Mitw. von Corinna Flügge (Doctrina et pietas. Abteilung II, Bd. 4), Stuttgart, Bad Cannstatt 2009
H. Beck: Die Erbauungsliteratur der ev. Kirche Deutschlands. Gotha 1891, Seite 270
Walther Killy: Literaturlexikon: Autoren und Werke deutscher Sprache. Bertelsmann-Lexikon-Verlag, Gütersloh und München 1988–1991 (CD-ROM: Berlin 1998, ISBN 3-932544-13-7) Band 4, S. 444
Fritz Roth: Restlose Auswertungen von Leichenpredigten und Personalschriften für genealogische und kulturhistorische Zwecke. Band 2, R 1072
Heinz Scheible: Melanchthons Briefwechsel Personen 11. Frommann-Holzboog, Stuttgart 2003, ISBN 3-7728-2257-6
