Aubert studierte an der Universität Neuenburg (1952 lic. iur., 1955 Dr. iur. und Anwaltspatent). 1952 bis 1956 folgten Studienaufenthalte in Tübingen, Paris und Ann Arbor (USA).
Von 1956 bis zu seiner Emeritierung 1996 war er Professor für Verfassungsrecht an der Universität Neuenburg, 1967 wurde er auch assoziierter Professor an der Universität Genf, er war auch Gastprofessor an der Universität Lausanne (1959, 1964, 1968–1971).
Er war Rechtsexperte bei mehreren eidgenössischen Verfassungsänderungen – in den Bereichen Raumplanung, Umweltschutz, Wasserwirtschaft, Referenden bei internationalen Verträgen und Referendum bei Gründung des Kantons Jura.
Petit Commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse. Mit Pascal Mahon. Schulthess Verlag, Zürich 2003
Verfassungsrecht der Schweiz / Droit constitutionnel suisse. Mit Daniel Thürer, Jörg P. Müller, Schulthess Verlag, Zürich 2001
Die Kantone vor der Herausforderung eines EU-Beitritts, Bericht der Arbeitsgruppe Europa-Reformen der Kantone. Schriften zur schweizerischen Rechtspolitik, Schulthess Juristische Medien AG, Zürich 2001
Les cantons face au défi de l’adhésion à l’Union Européenne, Rapport du groupe de travail Réformes-Europes des cantons, mit Monique Sturny, Rainer J. Schweizer, Schriften zur schweizerischen Rechtspolitik. Schulthess Juristische Medien AG, Zürich 2001
Parliament and Parliamentary Building in Switzerland / The Swiss Federa Assembly, 1848–1998. Helbing & Lichtenhahn, Basel 1998
Democracy and Federalism in European Integration. Mit Joseph H. H. Weiler, Frank Emmert, Roland Bieber, Swiss Papers on European Integration. Stämpfli Verlag, Bern 1995
La Constitution, son contenu, son usage / Sinn und Bedeutung einer Verfassung. Mit Kurt Eichenberger, 1991
So funktioniert die Schweiz. Cosmos, Muri bei Bern 1980 (französisch 1978)
Kommentar zur Bundesverfassung der Schweiz. Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874. Hrsg. mit Kurt Eichenberger, 1987–1996
Exposé des institutions politique de la Suisse à partir de quelques affaires controversées. Ed. Payot, Lausanne 1983
Petite histoire constitutionnelle de la Suisse. 1974, 1983
Bundesstaatsrecht der Schweiz. 2 Bde., 1967, 1991/95
Traité de droit constitutionnel suisse. 2 Bde., 1967, 1982/93
Piermarco Zen-Ruffinen, Andreas Auer (Hrsg.): De la Constitution: études en l’honneur de Jean-François Aubert. Bâle; Francfort-sur-le-Main: Helbing & Lichtenhahn 1996, pages 709-714: Principaux ouvrages et articles de M. Jean-François Aubert (Texte teils deutsch, teils französisch)