Heinrich Küppers begann seine Laufbahn als Wissenschaftler mit einer Dissertation über den Katholischen Lehrerverband in der Übergangszeit von der Weimarer Republik zur Hitlerdiktatur. Sie wurde im Jahre 1974 von der Pädagogischen Hochschule in Aachen als Promotionsleistung angenommen. Sein Doktorvater war Johannes Erger. Im Jahre 1983 wurde er dort, und nachdem die Pädagogische Hochschule in eine Pädagogische Fakultät der RWTH Aachen umgewidmet worden war, mit einer Studie über die Bildungspolitik im Saarland in der Zeit seiner Autonomie von 1945 bis 1955habilitiert. Zuerkannt wurde ihm die Lehrbefugnis für Neueste Geschichte.
Der Katholische Lehrerverband in der Übergangszeit von der Weimarer Republik zur Hitlerdiktatur. Zugleich ein Beitrag zur Geschichte des Volksschullehrerstandes (= Veröffentlichungen der Kommission für Zeitgeschichte. Reihe B: Forschungen. Band 18). Matthias-Grünewald-Verlag, Mainz 1975, ISBN 3-7867-0522-4 (Zugleich: Aachen, Pädagogische Hochschule, Dissertation).
Bildungspolitik im Saarland 1945–1955 (= Veröffentlichungen der Kommission für saarländische Landesgeschichte und Volksforschung. Band 14). Kommissionsverlag Minerva-Verlag Thinnes & Nolte, Saarbrücken 1984, ISBN 3-477-00068-4 (Zugleich: Aachen, Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule (RWTH), Habilitationsschrift).
Staatsaufbau zwischen Bruch und Tradition. Geschichte des Landes Rheinland-Pfalz 1946–1955 (= Veröffentlichungen der Kommission des Landtags für die Geschichte des Landes Rheinland-Pfalz. Band 14). v. Hase & Koehler Verlag, Mainz 1990, ISBN 3-7758-1226-1.
Joseph Wirth. Parlamentarier, Minister und Kanzler der Weimarer Republik (= Historische Mitteilungen der Ranke-Gesellschaft. Beiheft 27). Franz Steiner Verlag, Stuttgart 1997, ISBN 3-515-07012-5.
Johannes Hoffmann (1890–1967). Biographie eines Deutschen (= Forschung und Quellen zur Zeitgeschichte. Band 54). Droste-Verlag, Düsseldorf 2008, ISBN 978-3-7700-1905-2.
Franz Josef Röder (1909–1979). Baumeister des Bundeslandes Saarland (= Malstätter Beiträge). Conte-Verlag, Sankt Ingbert 2015, ISBN 978-3-95602-031-5.
Herausgeberschaften
mit Johannes Erger und Annemarie Haase: Gestaltung und Gefährdung des Rechtsstaates. Arbeitsmaterialien für den politischen Unterricht in der Sekundarstufe I. Oldenbourg Verlag, München 1978, ISBN 3-486-14141-4.
mit Hermann de Buhr und Volkmar Wittmütz: Kirche im Spannungsfeld von Staat und Gesellschaft. Festschrift für Günther van Norden (= Schriftenreihe des Vereins für Rheinische Kirchengeschichte. Band 111). Rheinland-Verlag, Köln 1993, ISBN 3-7927-1406-X.
mit Markus Gestier und Brigitte Steinle: Johannes Hoffmann (1890–1967). Ein Lesebuch aus Quellen (= Malstätter Beiträge). Conte Verlag, Sankt Ingbert 2017, ISBN 978-3-95602-123-7.
Emil Straus, ministre des Affaires culturelles de la Sarre 1947–1951. In: Revue d’histoire diplomatique 101, 1987, S. 61–77.
Der Faktor Polen in der deutschen Frankreich-Politik 1918–1934. In: Christian Baechler und Klaus-Jürgen Müller (Hrsg.): Les tiers dans les relations franco-allemandes/Dritte in den deutsch-französischen Beziehungen. Im Auftrag des Deutsch-Französischen Historikerkomitees, Oldenbourg Verlag, München 1996, ISBN 3-486-56272-X, S. 155–164.
Föderalismus als gestaltendes Prinzip in der Gründungsgeschichte der Bundesrepublik. Das Beispiel Rheinland-Pfalz. In: Michael Matheus (Hrsg.): Regionen und Föderalismus (= Mainzer Vorträge. Band 2). Franz Steiner Verlag, Stuttgart 1997, ISBN 3-515-06879-1, S. 65–79.
Zwischen Londoner Ultimatum und Rapallo. Joseph Wirth und die deutsche Außenpolitik 1921/22. In: Historische Mitteilungen 13, Heft 1, 2000, S. 150–173.
Herausforderungen und Bedrohungen im Zeichen des Hakenkreuzes. In: Martin Persch, Bernhard Schneider (Hrsg.): Geschichte des Bistums Trier. Band 5: Beharrung und Erneuerung (= Veröffentlichungen des Bistumsarchivs Trier. Band 19). Paulinus Verlag, Trier 2004, ISBN 3-7902-0275-4, S. 623–670.
Machtkampf oder mehr? Ein Beitrag zu den schwierigen Anfängen der CSU bis zum Jahre 1949. In: Historisch-Politische Mitteilungen 17, 2010, S. 113–148.
Jörg Hentzschel-Fröhlings, Guido Hitze, Florian Speer (Hrsg.): Gesellschaft, Region, Politik. Festschrift für Hermann de Buhr, Heinrich Küppers und Volkmar Wittmütz. Norderstedt 2006, ISBN 3-8334-4138-0.
