Der gelernte Tischler ist ausgebildeter Pastoralassistent und war in dieser Funktion auch als Religionslehrer tätig. Von 1990 bis 1998 war er Literat bei der Gruppe anonyme freunde. Günther Lainer tritt seit 1993 mit Kabarettpartner Manfred Linhart auf. Daraus entwickelt sich 2000 das Jahr für Jahr adaptierte Best-Of-Programm Grüner Veltliner. Im Jahr 2006 startet Lainer zusammen mit Ernst Aigner das erste Kirchenkabarett mit dem Titel Ich bin der Weinstock, ihr seid die Flaschen. Es entstanden in diesen Partnerschaften bis 2017 dreizehn Kabarettprogramme.
Als JongleurGausl (Abkürzung für: Günther aus Linz) tourt er seit 1994 durch Österreich, z.B. von 1993 bis 2003 als regelmäßiger Gast beim Linzer Pflasterspektakel und von 1995 bis 2000 als Cliniclown in oberösterreichischen Krankenhäusern.
Im Jahr 2002 war Günther Lainer zum ersten Mal Hauptdarsteller im No-Budget-Kurzfilm Klein. In dieser sehr ernst angelegten Rolle spielt er einen Polizisten, der im Laufe der Jahre die Nähe zu seiner Frau verliert und erst durch die Provokationen eines anderen Mannes eine überraschende Wende herbeiführen kann.
In weiterer Folge war er in diversen TV-Nebenrollen und Kurzfilmen zu sehen, seit 2007 als sporadischer Gast in der ORF-Comedy-Sendung Was gibt es Neues? von und mit Oliver Baier sowie seit 2015 in der Puls-4-Serie „Bist du deppert?“.
Am 16. Jänner 2012 hatte das erste gemeinsame Kabarett-Programm „99“ mit Klaus Eckel im Wiener Stadtsaal Premiere. Im Kino-Dokumentarfilm „Too big to tell - Recherchen in der Finanzwelt“ (Regie: Johanna Tschautscher) ist Günther Lainer neben Experten aus der Finanzwirtschaft der Protagonist der humorvollen Szenen. Seit November 2020 ist er Kolumnist bei den OÖN – Oberösterreichischen Nachrichten, die Kolumne „LAINER WIE KEINER“ erscheint 14-täglich.
Lainer gilt als bekennender Fan des Linzer Fußballklubs LASK.[1]