Hufnagl lehrte Kunst des 19. und 20. Jahrhunderts am Institut für Kunstgeschichte der Universität München und war seit 1997 Honorarprofessor an der Akademie der Bildenden Künste in München.
Er schrieb u.a.: „Design ist auf den kulturellen Humus angewiesen, in dem es wächst und reagiert auf technische, aber gesellschaftliche Gegebenheiten. Die nordamerikanischen Trucks mit ihrem martialischen Aussehen haben ihren Kontinent nie verlassen. Schon in Südamerika sehen Lkws anders aus, ganz zu schweigen von pakistanischen Brummis.“
Hufnagl starb im Alter von 71 Jahren an den Folgen eines Krebsleidens.[1]
Leo von Klenze. Gemälde und Zeichnungen, Norbert Lieb und Florian Hufnagl. München 1979, ISBN 3-7667-0457-5.
Leo von Klenze und die Sammlung architectonischer Entwürfe, Florian Hufnagl. Worms 1983, ISBN 3-8846-2017-7.
Künstlerplakate: Frankreich/USA – Zweite Hälfte 20. Jahrhundert, Hrsg. Hans Wichmann, Florian Hufnagl. Ausstellungskatalog der Neuen Sammlung. Basel/Boston/Berlin 1991, ISBN 978-3-76432-563-3.
Design und Kunst: Burg Giebichenstein 1945–1990, ein Beispiel aus dem anderen Deutschland, Florian Hufnagl. Ausstellungskatalog der Neuen Sammlung. München 1991.
Design: Vignelli New York, Florian Hufnagl. Ausstellungskatalog der Neuen Sammlung. München 1992.
Einblicke – Ausblicke. Für ein Museum von morgen. Die Neue Sammlung, Hrsg. Florian Hufnagl. Stuttgart 1996, ISBN 3-925369-58-9.
Plastics and Design, Hrsg. Florian Hufnagl. Publikation zur Ausstellung des Museum Künstlerkolonie, Mathildenhöhe Darmstadt 1997 und der Neuen Sammlung München 1998. Stuttgart 1997, ISBN 3-925369-72-4.
Process, A Tomato Project Munich, Florian Hufnagl. Publikation zur Ausstellung der Neuen Sammlung. Schopfheim/München 1997, ISBN 3-925560-85-8.
Zeit – Raum – Design. Design aus fünf Jahrzehnten. Neues Museum Nürnberg. Sammlung Design, Hrsg. Florian Hufnagl. Schopfheim/München 2000, ISBN 3-925560-96-3, ISBN 978-3-92556-096-5.
Sechs neue: Museen in Bayern, Hrsg. Florian Hufnagl. Text Oliver Herwig. Fotografie Zooey Braun. Tübingen 2002, ISBN 978-3-80300-625-7.
Design-Museen der Welt, eingeladen durch Die Neue Sammlung München. Zu Gast im Neuen Museum, Staatliches Museum für Kunst und Design, Nürnberg, Hrsg. Florian Hufnagl. Begleitpublikation zur Ausstellung. Basel/Boston/Berlin 2003, ISBN 3-764367-415.
Hermann Jünger – Schmuckstücke Fundstücke, Hrsg. Florian Hufnagl. Text Hermann Jünger. Fotos Eva Jünger. Mainz 2002, ISBN 3-87439-613-4.
Diamonds and Bars. Die Kunst der Amischen. Quilts der Sammlung Schlumberger, Hrsg. Florian Hufnagl. Publikation zur Ausstellung der Neuen Sammlung. Stuttgart 2007, ISBN 978-3-89790-262-6.
Giampaolo Babetto – L’italianità dei gioielli, Hrsg. Florian Hufnagl. Publikation zur Ausstellung der Neuen Sammlung. Stuttgart 2010, ISBN 978-3-89790-327-2.
Marokkanische Teppiche und die Kunst der Moderne, Hrsg. Florian Hufnagl, Jürgen Adam. München 2013, ISBN 978-3-89790-399-9.
Otto Künzli. Das Buch, Hrsg. Florian Hufnagl. Publikation zur Ausstellung der Neuen Sammlung München; Mudac – Musée de Design et d’Arts Appliqués Contemporains, Lausanne; Tokyo Metropolitan Teien Art Museum, Tokio. Stuttgart 2013, ISBN 978-3-89790-382-1.