Er schloss 1953 sein Studium der Architektur an der Technischen Hochschule Hannover ab. Von 1953 bis 1956 war er Mitarbeiter im Büro von Günther Marschall. 1956 bildete er zusammen mit Kaspar G. Wilhelmi eine Bürogemeinschaft, die 1963 durch den Tod Wilhemis aufgelöst wurde. Von 1965 bis 1983 arbeitete Pempelfort in Gemeinschaft mit Jost Schramm.
Gerd Pempelfort verstarb im Alter von 58 Jahren in Hamburg und wurde auf dem dortigen Friedhof Ohlsdorf beigesetzt. Die Grabstätte im Planquadrat AA 5 liegt südwestlich von Kapelle 8.
Petruskirche in Hamburg-Lokstedt
1958: Wettbewerbsentwurf im städtebaulichen Ideenwettbewerb „Hauptstadt Berlin“ (gemeinsam mit Friedrich Spengelin und Fritz Eggeling; prämiert mit dem 1. Preis)