Das Flottenkommando der Kriegsmarine entstand am 1. Juni 1935 aus dem Flottenkommando der Reichsmarine, welches seit 1925 bestand.
Die Unterstellung blieb, wie auch das Flottenkommando der Reichsmarine schon, beim Oberbefehlshaber der Marine.
Im Oktober 1939 übernahm Admiral Wilhelm Marschall als Befehlshaber der Panzerschiffe das Flottenkommando und wurde damit verantwortlich für die Panzer- und Schlachtschiffe.
Zum Ende des Jahres 1940 wurde klar, dass die von nun an längeren Operationen der Schlachtschiffe die längere Abwesenheit des Flottenchefs bedingen werden. Daher wurde das Flottenkommando neu strukturiert und ein 2. Admiral der Flotte eingeführt und auf der Hela eingeschifft. Am 27. Mai 1941 gingen der Flottenchef und fast sein gesamter Stab mit der Bismarck unter. Lediglich der 3. Admiralstabsoffizier Korvettenkapitän Gerhardt Böhmig überlebte, weil er zu diesem Zeitpunkt beim 2. Admiral der Flotte als 3. Admiralstabsoffizier eingesetzt war. Um einen neuen Flottenstab zu bilden, wurde der 2. Admiral der Flotte aufgelöst und das Personal hierfür eingesetzt.
Im März 1943 wurde das Marinegruppenkommando Nord (MOK Nord) in das Flottenkommando eingefügt und der Flottenchef wurde Oberbefehlshaber des Marinegruppenkommandos Nord. Der Chef des Stabes des MOK Nord, Konteradmiral Hellmuth Heye, wurde Chef des Stabes des Flottenkommandos und sein Nachfolger war in Personalunion sowohl Chef des Stabes des Flottenkommandos als auch Chef des Stabes des MOK Nord. Ende Juni 1944 wurde das MOK Nord dann aufgelöst.
1939
Mitte/Ende 1940
- Befehlshaber der Aufklärungsstreitkräfte (bis zur Auflösung im August 1940)
- Befehlshaber der Panzerschiffe (bis Juli 1940)
- Befehlshaber der Unterseeboote (bis Juli 1942)
- Führer der Zerstörer (bis Kriegsende)
- Führer der Torpedoboote (von August 1940 bis April 1942)
Ab 1941
- Konteradmiral Otto Schniewind: von der Aufstellung bis Oktober 1937, ehemaliger Chef des Stabes des Flottenkommandos der Reichsmarine und später Flottenchef
- Kapitän zur See Otto Backenköhler: von Oktober 1937 bis Oktober 1938
- Kapitän zur See Oskar Kummetz: von Oktober 1938 bis Oktober 1939
- Kapitän zur See/Konteradmiral Otto Backenköhler: von Oktober 1939 bis Juli 1940
- unbekannt
- Kapitän zur See Harald Netzbandt: von August 1940 bis Mai 1941 (†)
- Konteradmiral August Thiele: von Juni 1941 bis Februar 1943
- Kapitän zur See Hans Hartmann: von März 1943 bis Mai 1943
- Konteradmiral Hellmuth Heye: von Juni 1943 bis April 1944, zeitgleich Chef des Stabes beim Marinegruppenkommando Nord
- Konteradmiral Richard Rothe-Roth: von April 1944 bis Kriegsende, zeitgleich bis zur Auflösung im Juli 1944 Chef des Stabes beim Marinegruppenkommando Nord
- unbekannt
- Fregattenkapitän/Kapitän zur See Friedrich Rieve: von Oktober 1938 bis November 1939
- Fregattenkapitän Heinrich Kaiser: von November 1939 bis Dezember 1940
- Fregattenkapitän/Kapitän zur See Emil Melms: von Dezember 1940 bis Mai 1941 (†)
- Fregattenkapitän Heinrich Kaiser: von Juli 1941 bis November 1941
- Fregattenkapitän Werner Pfeiffer: von November 1941 bis Januar 1942 in Vertretung
- Fregattenkapitän/Kapitän zur See Wolf Löwisch: von Januar 1942 bis März 1943
- Korvettenkapitän Alfred Gohrbandt: von März 1943 bis Juli 1943 in Personalunion auch 2. Admiralstabsoffizier im Marinegruppenkommando Nord
- Fregattenkapitän/Kapitän zur See Moritz Schmidt: von Juli 1943 bis Kriegsende in Personalunion bis Juli 1944 auch 2. Admiralstabsoffizier im Marinegruppenkommando Nord
- Kapitänleutnant Theodor Krancke: von der Aufstellung bis September 1935
- unbekannt
- Kapitän zur See Richard Rothe-Roth: von September 1937 bis Dezember 1940, später Chef des Stabes
- Korvettenkapitän Gerhardt Böhmig: von Dezember 1940 bis April 1941, anschließend Chef des Stabes beim 2. Admiral der Flotte
- vakant: von April bis Juli 1941
- Fregattenkapitän Gerhard Böhmig: von Juli 1941 bis April 1943
- Kapitän zur See Hugo Pahl: von April 1943 bis Februar 1944, in Personalunion auch 3. Admiralstabsoffizier im Marinegruppenkommando Nord, anschließend Führer der Minenschiffe
- Korvettenkapitän Werner Dobberstein: von Februar 1944 bis Mai 1944
- Korvettenkapitän Heinz Schuur: von Juli 1944 bis Kriegsende
- Korvettenkapitän Gustav Kleikamp: von der Aufstellung bis September 1935
- Kapitänleutnant/Korvettenkapitän/Fregattenkapitän Ludwig Stummel: von September 1935 bis Dezember 1939
- Korvettenkapitän Günther Bormann: von Dezember 1939 bis April 1941
- Korvettenkapitän Hans Nitzschke: von April 1941 bis Mai 1941 (†)
- Korvettenkapitän Günther Bormann: von Juni 1941 bis April 1943
- Fregattenkapitän Günther Kern: von April 1943 bis August 1944 in Personalunion auch 4. Admiralstabsoffizier im Marinegruppenkommando Nord
- Korvettenkapitän Heinrich Hartz: von August 1944 bis Kriegsende
- Kapitän zur See (Ing.) Hans Fechter: von der Aufstellung bis September 1935
- Kapitän zur See (Ing.) Erich Zieger: von Oktober 1935 bis September 1936
- Kapitän zur See (Ing.) Karl Thäter: von September 1936 bis Februar 1937
- Kapitän zur See (Ing.) Heinrich Stiegel: von Februar 1937 bis Dezember 1939
- Kapitän zur See (Ing.) Walter Fröhlich: von Dezember 1939 bis Januar 1941
- Fregattenkapitän (Ing.)/Kapitän zur See (Ing.) (postum) Karl Thannemann: von Januar 1941 bis Mai 1941 (†)
- Kapitän zur See (Ing.) Julius Heimberg: von Juni 1941 bis Juli 1943, ehemaliger, einziger Ingenieur beim 2. Admiral der Flotte
- Fregattenkapitän (Ing.)/Kapitän zur See (Ing.) Wolfheinz Schaefer: von August 1943 bis Kriegsende
- Korvettenkapitän Harald Netzbandt: von der Aufstellung bis September 1935 Admiralstabsoffizier, später Chef des Stabes
- Kapitänleutnant/Korvettenkapitän Hans Ritter: von der Aufstellung bis September 1935 5. Admiralstabsoffizier (für Flugwesen)
- Karl Hetz: von Oktober 1938 bis Dezember 1939 Flaggleutnant