Kyogasøen er en stor lavvandet sø i det sydvestlige Uganda. Den ligger på ækvator. Der bor næsten 350.000 mennesker i området omkring søen. Victoria-Nilen strømmer igennem søen på sin vej fra Victoriasøen til Albertsøen. Selvom den er en del af "Great Lakes"-sytemet, så regnes den ikke som en af "De Store Søer".46 forskellige fiskearter er blevet set i Kyogasøen, og krokodillerne er talrige.