Aalborg Kloster blev oprettet som et helligåndshus den 20. august 1431. I 1451 blev helligåndshuset optaget i Helligåndsordenen, en katolsk klosterorden oprettet i Montpellier i Frankrig, som havde til formål at tage sig af samfundets svage, skrøbelige og ældre medborgere – samt tage sig af hittebørn. Helligåndsklosteret i Aalborg lededes af en prior – og klosteret var underlagt moderklosteret i Rom, Santo Spirito in Sassia, som lededes af en stormester.