Dostal se do sporu s Ľudovítem Štúrem a jeho kodifikací spisovné slovenštiny (která se měla formálními znaky co nejvíce lišit od češtiny); odmítl také jeho národní program jako nerealistický. V letech 1843–1850 působil jako německý kaplan v Košicích. V roce 1848 byl uvězněn za přechovávání Žádostí slovenského národa, v roce 1850 získal místo profesorařečtiny na Právnické fakultě v Košicích a v letech 1850–1853 též působil jako redaktor vládních Slovenských novin ve Vídni. Po konfliktech s bachovskou cenzurou se v roce 1853 stal farářem v Župčanech, okres Prešov. Nakonec přijal novou podobu slovenštiny a věnoval se hlavně literární činnosti. Poslední roky života prožil osamocen (jednou byl označen i za „národného hriešnika“), zatrpklý, plný rozporů v sobě samém i vůči okolnímu světu.
Je autorem klasicistických básnických skladeb (Žehry), satirickýchpróz (Panslavistický farár, Faustiáda, Chruňo a Mandragora, Pompézňa), didaktických humoresek (Dva dni v Chujave), historických povídek (Buld, Svätoplukova zrada) a 34 dramat. Napsal rozsáhlou historickou práci Dejiny uhorského kráľovstva od počiatku do časov Žigmundových a mnoho dějepisných článků. Hlavním tématem jeho tvorby jsou historická fakta, detaily ze života a autobiografické prvky. Stal se nekompromisním kritikem a analytikem, satirikem, komentátorem a kritikem romantických iluzí o životě. Po represáliích vůči slovenským institucím poslal své rukopisy roku 1875Matici české. Matice česká Záborského rukopisy darovala Matici slovenské. Dnes jsou rukopisy Jonáše Záborského uloženy ve Slovenské národní knihovně (SNK)[1] v Martině, kromě originálu rukopisu Dejiny kráľovstva uhorského od počiatku do časov Žigmundových, ten zůstal v archivu Knihovny Národního muzea[2] v Praze.
1861 – Kalendár drotára Fedora. Na rok ktorýkoľvek od narodzenia Antikrista, vynalezenia pálenky a národnej aristokratie, platný pre celé neobmedzené Slovensko, s podobizňou pôvodcovou.
1864–1869 – Kniha Džefr. Kde prorok Ali napísal hieroglyfami o všetkom, čo nemá byť až do skonania sveta. Preložil verne z arabštiny Jonáš Záborský, majiteľ opravdivého kríža, spoluúd mnohých neučených spoločností, a národní hriešnik.
Listy z Kocúrkova. Vydanie tretie, lenže prvé a druhé ešte nevyšlo, sdeluje Jonáš Záborský.
1866Korheľ a ožran. Fraška pre pospolitý ľud vo 5 dejstvách.
1866Betlehem. Podomná hra dedinskej mládeže na vianoce, na základu výtvoru pospolitého slobodne predelaná s úmyslom, odstraniť obyčajné pri tom necudnosti, a jalovým žartom podstrčiť dačo rozumnejšieho a praktičnejšieho.
1851 – K Slovákom! Reč na deviatu nedeľu po sv. Duchu. "Uzrevší mesto, plakal nad ním." Luk. 19, 41. Ku vzbudeniu všetkých spiacich a zavedených Slovákov r. 1851 vydal po česky Jonáš Záborský, farár Župčiansky.
1848 – O náležitom užívaní času. Kázeň na nový rok.
1848 – O všeobecnom a zvláštnom rídení božom. Kázeň na štvrtú nedeľu pôstnu.
1851 – O podporovaní a užívaní škôl. Kázeň na deviatu nedeľu po sv. Duchu.