Lungsod ang San Juan del Norte sa Nikarawa. Nahimutang ni sa departamento sa Departamento de Río San Juan, sa habagatan-sidlakang bahin sa nasod, 300 km sa sidlakan sa Managua ang ulohan sa nasod. 6 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa San Juan del Norte, ug adunay 642 ka molupyo. San Juan del Norte nga nahimutang sa lanaw sa Laguna La Playuela.