Baba sa suba ang Muara Metarahan sa Sidlakang Timor. Nahimutang ni sa distrito sa Díli, sa amihanan-kasadpang bahin sa nasod, 29 km sa amihanan sa Dili ang ulohan sa nasod. 35 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa Muara Metarahan. Ang Muara Metarahan nahimutang sa pulo sa Pulau Atauro.