Suba ang Mazar-Suu sa Kirgistan. Nahimutang ni sa lalawigan sa Jalal-Abad oblast, sa sentro nga bahin sa nasod, 130 km sa habagatan-kasadpan sa Bishkek ang ulohan sa nasod. Ang Mazar-Suu mao ang bahin sa tubig-saluran sa Aral Sea.