Mtskheta és l'antiga capital de Geòrgia en fundar-se el Regne d'Ibèria al segle iv aC. Va deixar de ser capital el 1122, quan va ser ocupada Tbilissi, que constituïa un emirat musulmà, si bé després encara hi van ser coronats alguns reis. Fou, a més a més, la residència del catolicós patriarca de Geòrgia. El 2014 va ser declarada la ciutat santa de l'Església ortodoxa de Geòrgia.