Per classificar-se definitivament a la fase final de la competició es van disputar tres rondes classificatòries, que van començar l'11 de juliol de 2006, on 16 equips van aconseguir unir-se als altres 16 classificats directament per a la fase final.
La fase final de la competició va donar inici al setembre de 2006, amb 32 equips competint pel trofeu que defensava el FC Barcelona, després de la seva victòria en l'edició 2005-06.
El campió final del torneig va ser Milan, després de derrotar el Liverpool a la final, disputada el 23 de maig a l'Estadi Olímpic d'Atenes, gràcies a dos gols del seu davanter Filippo Inzaghi, per un resultat final de 2-1. Pels italians suposava la seva setena conquesta de la màxima competició europea, i quedaven així a dos títols del Reial Madrid, que n'acumulava un total de nou, distanciant-se de les cinc aconseguides fins a aquell moment pel mateix Liverpool, i el mèrit de representar Europa al Campionat del Món de Clubs de futbol 2007.
La temporada va començar esquitxada per l'escàndol de manipulació de partits per part d'equips italians, entre els quals s'incloïa l'AC Milan. Això va originar que hi hagués dubtes sobre si anava a poder disputar la Lliga de Campions, per a la qual tenia una plaça directa inicialment. La sanció final es va limitar a fer-lo disputar les eliminatòries de classificació, començant des de la tercera ronda, decisió que a la fi li permetria proclamar-se vencedor.[1]
Fase de classificació
A les rondes prèvies de classificació van participar un total de 57 equips. 22 d'ells classificats per a la primera ronda, dels que passarien 11 i s'unirien a uns altres 17 per formar 14 aparellaments de segona ronda. Els 14 equips classificats més els 16 que entressin directament a la tercera ronda formarien els últims aparellaments, dels quals sortirien els 16 equips classificats en última instància per a la fase final del torneig. Els 16 equips eliminats en aquesta última ronda se'ls va convidar a participar en la primera fase de la Copa de la UEFA 2006-2007.
Primera fase de classificació
Per a la primera ronda es van classificar els campions de les 22 lligues amb coeficients UEFA més baixos segons el rànquing de 2005. El sorteig dels aparellaments es va efectuar a Nyon (Suïssa), el 23 de juny de 2006. Els enfrontaments d'anada de les eliminatòries es van disputar els dies 11 i 12 de juliol, i els partits de tornada els dies 18 i 19 de juliol.
Prolegòmens del partit d'anada de l'eliminatòria entre el Cork City (blanc-i-verds) i l'Estrella Roja de Belgrad (blanc-i-vermells). Estadi Turners Cross, a Cork, Irlanda.Partit d'anada entre el Debreceni (vermells) i el Rabotnicki (blanc-i-blaus). Estadi Oláh Gábor Út, a Debrecen, Hongria.
El mateix sorteig de la primera ronda a Nyon va servir per decidir els aparellaments de la segona ronda. Els equips classificats van ser els 11 campions de les lligues situades entre els llocs 17 i 27 del rànquing UEFA, els 6 subcampions de les lligues del lloc 10 al 15 i els 11 guanyadors de l'eliminatòria de primera ronda.
El Galatasaray pràcticament va sentenciar la seva classificació davant el Boleslav en el partit d'anada, amb un clar 5-2 al seu estadi Ali Sami Yen. A la tornada acabarien 1-1
.
Per decidir els enfrontaments de l'última ronda de classificació es va realitzar un nou sorteig a Nyon, el 28 de juliol de 2006. En el sorteig van entrar els campions de les lligues situades entre els llocs 11 i 16 del rànquing UEFA, els subcampions de les lligues entre el lloc 7 i 9, els tercers classificats de l'1 al 6 (entre els quals, el València CF), els quarts classificats de l'1 al 3 (entre els quals l'Osasuna), i els 14 classificats de la ronda anterior. En el sorteig, hi va haver dos grups d'equips. Els 16 amb major coeficient UEFA de clubs (caps de sèrie) tindrien com a rival un equip no cap de sèrie.
Els partits d'anada es van disputar els dies 8 i 9 d'agost, i els de tornada entre el 22 i 23 d'agost de 2006.
*A causa del conflicte armat continu a Israel, la UEFA decidia que cap partit europeu no es podria jugar al país fins a pròxim avís (Nota de la UEFA) (castellà).
Una vegada coneguts els 32 equips classificats per a la primera fase de la competició, es va realitzar un sorteig en Mònaco el dia 24 d'agost de 2006, per repartir-los en vuit grups de quatre equips cada un.
En cada grup tots els equips es van enfrontar entre si en un sistema d'anada i tornada. En finalitzar la lliguilla, els dos primers equips classificats en cada grup van accedir als vuitens de final, el tercer classificat es va incorporar a la Copa de la UEFA 2006-07, i l'últim classificat va quedar fora dels torneigs internacionals.
Si dos o més equips quedessin empatats a punts en finalitzar la lliguilla, s'aplicarien els següents criteris de desempat segons recull la regularització de la UEFA:
Major nombre de punts obtinguts en els partits de lliguilla disputats pels equips empatats.
Major diferència de gols en els partits disputats pels equips empatats.
Major nombre de gols marcats anés de casa en els partits disputats pels equips empatats.
Major diferència de gols en tots els partits de la lliguilla.
Major nombre de gols marcats en tots els partits de la lliguilla.
Major coeficient acumulat pels equips empatats i de les seves respectives federacions en les últimes cinc temporades.
Instant del partit Levski de Sofia 1 Chelsea 3. Malgrat la derrota, el Levski va aconseguir el seu primer gol a la competició.Inicis del partit FC Barcelona 2-2 Chelsea FC, al Camp Nou. El Chelsea va aconseguir empatar en el descompte i pràcticament certificar la seva classificació.Instant del FC Barcelona - Werder Bremen, en el Camp Nou. El partit va decidir la classificació del FC Barcelona, en detriment dels alemanys
.
El grup A va ser el que semblava en principi el més complicat de tots, ja que en ell van quedar enquadrats dos dels grans favorits a guanyar el títol europeu, el FC Barcelona, vigent campió de la competició, i el Chelsea FC, gran dominador de la lliga anglesa en els últims anys, l'única en aconseguir classificar quatre conjunts per a la fase final de la competició. S'hi van unir el Werder Bremen, que va arribar als vuitens de final la temporada anterior, i el debutant Levski de Sofía. Aquesta composició del grup va aixecar expectatives, ja que el Barcelona i el Chelsea havien creat una gran rivalitat entre ells, després de l'emparellament d'ambdós en eliminatòries plenes de polèmiques les dues últimes temporades, amb una victòria cada un. També el Werder Bremen havia estat recentment rival del Barcelona, ja que ambdós van coincidir en la fase de grups el 2005.
Els resultats van confirmar la dificultat del grup, car el Werder Bremen va ser l'únic equip en quedar eliminat amb deu punts. Des dels primers partits es va veure que el Levski era el conjunt amb menys possibilitats, de fet va acabar sent l'equip amb pitjors nombre de tots els grups. Per la qual cosa els dos posats classificatoris s'haurien de decidir entre els altres tres equips. El Chelsea es va mostrar superior als seus rivals, aconseguint guanyar i treure un empat en l'últim minut al Barcelona, i només va cedir una derrota davant del Werder Bremen amb la seva classificació pràcticament resolta. Això va propiciar que el Barcelona i els alemanys arribessin a l'últim partit, que els enfrontava entre si en el Camp Nou, jugant-se la classificació. En aquest partit el Barcelona es va imposar per dos a zero, aconseguint així la segona plaça, i el Werder Bremen es va haver de conformar amb la repesca de la copa de la UEFA.
Però l'inici de la competició no va ser gens bo per a l'Inter de Milà, que va perdre els seus dos primers partits, i va veure com el Sporting li avançava ràpidament en quatre punts i es convertia en favorit per a la classificació. No obstant això, l'Inter va aconseguir remuntar arran de la seva derrota davant del Bayern de Múnic, i va aconseguir imposar-se en els seus següents tres partits, segellant la seva classificació, al costat de la de l'equip bavarès. Ambdós es van enfrontar en l'últim partit, amb avantatge en la classificació dels alemanys, jugant-se el primer lloc del grup que els atorgués un sorteig més assequible en vuitens de final. El Bayern va imposar el seu avantatge com a local a l'estadi Allianz Arena (rebatejat eventualment com a Fußball Arena München, ja que així ho dictamina el reglament de la UEFA per a comepticions oficials), i va aconseguir l'empat que necessitava. D'altra banda, el Sporting semblava tenir assegurada la seva classificació per a la UEFA en el seu últim partit a casa davant del Spartak, però va caure derrotat per un a tres, i van ser els russos els que van accedir a la repesca.
Els dos caps de sèrie del grup C van ser el Liverpool FC i el PSV Eindhoven, dos clàssics d'Europa, ambdós guanyadors del títol europeu. Els altres dos equips que van completar el grup van ser el Girondins de Bordeus i el Galatasaray Spor Kulübü turc. Els dos reapareixien en la competició, després d'absències passades.
Des dels primers partits es va veure que el Liverpool i el PSV aconseguirien la classificació, tot i que faltava veure en quin ordre. El Liverpool va guanyar al PSV a Anfield Road, el que sumat al punt aconseguit en terres neerlandeses, li donava el primer lloc matemàtic a falta de disputar l'últim partit. Malgrat la victòria final del Galatasaray davant el Liverpool, no va poder fer res per alçar-se al tercer lloc, i va quedar fet fora de les competicions europees. La classificació per a la Copa de la UEFA va ser finalment per al Girondins, que va aconseguir sumar set punts.
En el grup D reapareixia el València CF, després de diversos anys absent a la Lliga de Campions, i després de passar la ronda prèvia de classificació. Els seus rivals en el grup van anar l'AS Roma, l'Olympiakos FC d'El Pireu i el campió ucraïnèsXakhtar Donetsk.
El grup ràpidament va esdevenir un mà a mà entre espanyols i italians, portant el València avantatge amb la seva victòria davant dels romans a Mestalla per dos a un. Així, el València aviat va aconseguir el primer lloc matemàticament, abans de disputar l'últim encontre a l'Olímpic de Roma, al que va acudir amb una llarga llista de lesionats i amb diversos joves jugadors del seu equip filial. En canvi la Roma sí que tenia en joc la seva classificació, la qual va poder resoldre guanyant al València per un gol a zero. Per la seva part, el Shakhtar va aconseguir imposar-se a l'Olympiakos i quedant classificats per la Copa de la UEFA, i els hel·lens van quedar eliminats de qualsevol competició internacional
En el grup E tornaven a trobar-se el Reial Madrid i l'Olympique de Lió, després de quedar també enquadrats en el mateix grup la temporada anterior. En aquella ocasió, els francesos es van classificar en primer lloc del grup, i el Madrid ho va fer com a segon. El grup quedà complet amb el Dynamo de Kíev i el Steaua de Bucarest, vell campió de la Copa d'Europa que reapareixia després d'una llarga temporada absent, i després d'haver arribat fins a les semifinals de la Copa de la UEFA a la temporada 2005-06.
Com va ocórrer un any abans, el Madrid va obrir la competició visitant l'estadi Gerland del Olympique, i es tornaria a repetir una clara victòria dels francesos. L'Olympique de Lió es va mostrar molt superior durant tota la lliguilla, i no va trobar problemes per classificar-se com a primer de grup, després de diverses victòries davant el Dynamo i al Steaua, i un valuós empat a l'Estadi Santiago Bernabéu. El Madrid, malgrat no aconseguir guanyar a l'Olympique, no va trobar tampoc massa dificultats davant els altres dos equips, i va segellar la seva classificació com a segon a falta d'un partit per al final. Per la seva part, el Steaua va mostrar un alt nivell en el seu reencontre amb la competició, i va aconseguir repescar-se a la Copa de la UEFA, caient així eliminat el Dynamo de Kíev, que no va aconseguir guanyar cap partit.
Manchester United a la seva victòria per 3-0 al Copenague. Era la seva tercera victòria en tres partits, la qual cosa pràcticament el col·locava en els vuitens de final.Estádio da Luz, a Lisboa. Instant del partit Benfica 3, Copenhaguen 1. Partit clau per a l'obtenció de la tercera plaça dels portuguesos
.
En el grup F van tornar a coincidir el Manchester United FC i el SL Benficaportuguès, després de la fase de grups de la temporada anterior, en la qual els anglesos quedaren fora després del seu quart lloc en el grup, mentre que els portuguesos sí que van aconseguir la classificació, a mercè de la victòria en el partit que els va enfrontar. Van completar el grup el Celtic FC, en el seu retorn a la competició, i el debutant danès FC Copenhague.
El primer conjunt a aconseguir la classificació va ser el Celtic, gràcies a la seva victòria com a local davant del Manchester, en un match de gran tradició britànica. Per la seva part, el Manchester i el Benfica van tornar a disputar l'última jornada amb tot en joc, encara que en aquesta ocasió hi va haver victòria dels anglesos a Old Trafford, aconseguint a més el primer lloc. El Benfica va haver de conformar-se amb la copa de la UEFA. El Copenague va realitzar un molt bon paper en el seu debut, malgrat quedar últim de grup, però va aconseguir no perdre cap partit al seu estadi de Copenhaguen, i fins i tot vencent a Manchester United i Celtic. Tanmateix amb el Benfica només aconseguí empatar, la qual cosa afegit a la derrota a Lisboa, va decantar el tercer lloc pel Benfica després de l'empat a 7 punts.
El subcampió de la temporoda 2005-06, l'Arsenal FC, va quedar enquadrat amb el FC Porto, guanyador del torneig el 2004, com a màxim rival per aconseguir la classificació i el primer lloc del grup. S'hi van unir el CSKA de Moscou i l'Hamburg SV, ambdós sense renunciar a intentar colar-se en la classificació final del grup.
El CSKA va començar molt bé la primera tornada de la liguilla, cedint un únic empat a Porto, i després de tres jornades es mostrava encapçalant el grup i amb totes les opcions d'aconseguir la classificació. Però, el Porto i l'Arsenal van aprofitar els seus partits contra l'Hamburg per sumar punts, arribant a imposar-se també el Porto en el partit que el va enfrontar al CSKA a Moscou. Això va propiciar que ambdós equips arribessin a l'última jornada empatats a punts, havent d'enfrontar-se entre ells, i donant-se la circunstacia que amb un empat s'assegurarien la classificació els dos. Malgrat això, el Porto va buscar una victòria que li donés el liderat final del grup, encara que aquesta no va arribar, ambdós van empatar, i van deixar fora del camí al CSKA, que tampoc no s'hagués classificat, a causa de la seva derrota final davant de l'Hamburg, els únics punts que va aconseguir el conjunt alemany.
Inici del partit AC Milan 0 - Lille 2, a San Siro. La victòria va donar la classificació al Lille, davant d'un Milà amb el primer lloc assegurat per endavant
.
L'AC Milan, equip amb major coeficient UEFA en l'inici del torneig, va poder classificar-se finalment per a la fase de grups de la competició, després de veure's obligat a jugar la fase prèvia de classificació, resultat de la sentència del judici per manipulació de partits del futbol italià. En ella es va imposar sense grans conflictes a l'Estrella Roja de Belgrad. Una vegada enquadrat en el grup H, va tenir com rivals de classificació al Lille OSC, l'AEK Atenes i el RSC Anderlecht.
Amb una primera fase sense massa problemes, el Milà va obtenir aviat la classificació matemàtica per als vuitens de final. Però, i malgrat quedar finalment com primer de grup, va acabar la liguilla de forma agredolça, després de perdre en les dues últimes jornades, al mig d'una crisi de resultats a l'Scudetto. Per la seva part, l'AEK i el Lille mantengueren una tensa pugna pel segon lloc del grup, que va anar a parar finalment del costat dels francesos, després d'una meritòria victòria a San Siro. L'AEK es va haver de conformar amb la disputa de la Copa de la UEFA, malgrat aconseguir la seva primera victòria en la història de la competició, aconseguida contra el Lille i seguida d'una altra contra el Milan. Però no va poder fer el mateix davant l'Anderlecht en l'últim partit, el qual hagués significat la classificació.
Els setze equips classificats van disputar una sèrie d'eliminatòries a anada i tornada, fins a decidir els dos equips classificats per a la final d'Atenes. A la taula es mostren tots els encreuaments de la segona fase. El primer equip de cada eliminatòria va jugar com a local el partit d'anada, i el segon va jugar en el seu camp la tornada. En els resultats s'indica el marcador en l'anada, seguit del de la tornada.
L'eliminatòria de vuitens de final va enfrontar a cada campió de grup amb un segon classificat d'un grup diferent al seu, amb l'avantatge de jugar el partit de tornada com a local, i amb la restricció de no poder creuar-se dos conjunts del mateix país. La resta d'eliminatòries es van sortejar sense cap restricció.
El sorteig per decidir els emparellaments de vuitens de final es va celebrar el 15 de desembre, a la seu de la UEFA a Nyon. Cada campió de grup tindria com a rival a un segon classificat, amb l'avantatge de jugar el partit de tornada com a local, i amb la restricció de no poder creuar-se dos conjunts del mateix país o que ja s'haguessin enfrontat en la fase de grups.
Els partits d'anada van tenir lloc els dies 20 i 21 de febrer, i els de tornada el 6 i 7 de març.
Roma - Lyon
La Roma va tenir com a rivals a la seva primera participació en uns vuitens de final de la Lliga de Campions als francesos de l'Olympique de Lió, que partien com a favorits després de la seva victòria al grup E i la disputa de la tornada al Stade Gerland. En el partit d'anada es va viure un gran ambient, a causa del debut de l'equip romà, amb més de 80.000 aficionats seguint el partit a l'Estadi Olímpic. L'anada va acabar amb un empat a zero, després que cap dels equips no pogués obrir el marcador. L'Olympique va estar a prop de fer-ho en una jugada a la qual la pilota va anar al pal en una rematada desafortunada del jugador de la Roma Taddei, després d'una treta a pilota aturada de Juninho Pernambucano, la jugada més cercada pels de Lió. En el partit de tornada, la Roma va fer saltar la sorpresa i va poder imposar-se per dos a zero com a visitant, aconseguint la seva primera classificació per a uns quarts de final. Abans d'inaugurar el marcador, l'àrbitre espanyol Mejuto González va anul·lar un gol a De Rossi, per una falta prèvia de Totti. Així i tot, la Roma va sentenciar l'eliminatòria abans del descans, amb gols de Totti, de cap, i Mancini, després d'un ràpid contraatac.
Partido de tornada a Old Trafford, on el Manchester (de vermell i blanc) va sentenciar l'eliminatòria, després de l'ajustada victòria en terres franceses.
El Manchester partia com a clar favorit per imposar-se al Lille francès, arribant a l'eliminatòria com a clar líder de la Premier League. Però el Lille esperava poder repetir la victòria davant els anglesos aconseguida en la primera fase de grups de la temporada anterior. En el partit d'anada semblava que anava a aconseguir un valuós empat a zero, que li donaria esperances per disputar la tornada a Old Trafford. Però els de Manchester van aconseguir fer el 0-1 en una estranya jugada a pilota aturada, quan el partit s'apropava al seu final. Mentre la defensa del Lille muntava la barrera, Ryan Giggs va elevar la pilota per sobre d'ella, mentre el porter només podia mirar amb cara de sorpresa com aquest s'introduïa en el fons de la xarxa. L'equip local va protestar insistentment, arribant a llançar la pilota fora de banda a la treta de gol, com a mostra de no voler continuar disputant l'encontre, però l'àrbitre neerlandès va assegurar que ningú del Manchester no havia demanat barrera per al llançament de la falta, per la qual cosa el gol era totalment legal. En el partit de tornada, amb tot a favor per als anglesos, no va acabar d'imposar-se fins als minuts finals, prolongant les esperances de remuntada del Lille. Però la sentència va arribar de mans d'Henrik Larsson, que disputava el seu últim encontre en competició europea, abans que acabés la seva breu cessió durant l'aturada hivernal de la lliga sueca, i tornés al seu club amb contracte, l'Helsingborgs IF.
El Levski va disputar els seus partits com a local al Nacional Vasil Levski, en lloc del seu estadi habitual, el Georgi Asparuhov, per poder acollir més aficionats.
Estadi rebatejat eventualment per a la Lliga de Campions, ja que el reglament de la competició impedeix l'ús de marques publicitàries en el nom d'aquests.
El Galatasaray va disputar els seus encontres com a local a l'Olímpic Atatürk, en lloc del seu estadi habitual, el Ali Sami Yen, per poder acollir un major nombre d'aficionats.
El Dynamo va disputar els seus encontres com a local a l'Estadi Olímpic Nacional de Kíev, en lloc de fer-ho en el seu estadi habitual, el Lobanovsky Dynamo, per poder acollir un major nombre d'aficionats.
El Lille no va poder disputar els seus partits locals al seu estadi habitual, el Grimonprez-Jooris, ja que no complia amb els requisits mínims de la UEFA.
FC Sheriff
FK Baku
FK Rabotnicki
FK Ekranas
NK Gorica
FH Hafnarfjördur
B36 Tórshavn
Apollon FC
FK Aktobe
NK Široki Brijeg
The New Saints FC
NK Dinamo de Zagreb
FC Spartak Moskvà
FC Steaua Bucuresti
Vålerenga IF
MFK Ružomberok
Legia Varsòvia
FC Salzburg
FC Dinamo de Kíev
Estrella Roja de Belgrad[3]
Arsenal FC
SL Benfica
CA Osasuna
València CF
AFC Ajax
Maccabi Haifa FC
AEK Athens FC
FC Barcelona
Spartak Moscú
Reial Madrid
AS Roma
Olympique Lyon
Manchester U.
Celtic FC
Bayern Múnic
FC Porto
PSV Eindhoven
FC Barcelona
Est. Olímpic 
22'
_e_Rosso_e_Nero_(Strisce).svg)
