Format FASTA
From Wikipedia, the free encyclopedia
En bioinformàtica, el format FASTA és un format de fitxer en text per a la representació de seqüències tant nucleotídiques com peptídiques, en què els nucleòtids i els aminoàcids es representen usant un codi d'una sola lletra. Aquest format[1] també permet que les seqüències estiguin encapçalades pel nom de la seqüència o comentaris. El format FASTA es va originar pel paquet de software FASTA, però avui en dia és un estàndard en el camp de la bioinformàtica.
| Tipus | format de fitxer i textual data format (en) |
|---|---|
| Extensió | fasta i fa |
| MIME | text/plain, chemical/seq-aa-fasta i chemical/seq-na-fasta |
| Desenvolupador | David J. Lipman i William Raymond Pearson (en) |
| Versió inicial | 1985 |
| Més informació | |
| Wiki del format de fitxer | FASTA_and_FASTQ |
La simplicitat del format FASTA fa que sigui fàcil manipular les seqüències usant eines de processament de text i llenguatges script com ara Python, Ruby o Perl.
Una seqüència en format FASTA comença amb una capçalera de descripció d'una sola línia amb el símbol '>' al principi. La paraula que en segueix, que no ha de tenir espais, acostuma a ser l'identificador de la seqüència. Per altra banda, l'NCBI defineix un estàndard d'identificadors únics en aquesta capçalera de descripció,[2] que programes com el makeblastdb del BLAST utilitzen per indexar fitxers amb múltiples seqüències.
És habitual que la seqüència biològica que en segueix contingui només vuitanta caràcters per línia.
>gi|31563518|ref|NP_852610.1| microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A isoform b [Homo sapiens] MKMRFFSSPCGKAAVDPADRCKEVQQIRDQHPSKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELVKI IRRRLQLNPTQAFFLLVNQHSMVSVSTPIADIYEQEKDEDGFLYMVYASQETFGF
L'extensió de fitxer que conté les seqüències acostuma a ser: .fa, .fasta o variacions similars.
Vegeu també
Enllaços externs
- «What is FASTA format?» (en anglès). [Consulta: 21 març 2014].
Referències
Wikiwand - on
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.