Conforme a la Llei Orgànica de l'Administració Pública Federal, a aquesta secretaria li corresponen, entre altres, les següents funcions:[1]
Fomentar la protecció, restauració i conservació dels ecosistemes, recursos naturals, béns, serveis ambientals, amb la finalitat de propiciar el seu aprofitament i desenvolupament sustentable.
Formular i conduir la política nacional en matèria de recursos naturals, sempre que no estiguin àrees quan la seva administració recaigui en governs estatals i municipals o en persones físiques o morals.
Administrar i regular l'ús i promoure l'aprofitament sustentable dels recursos naturals que corresponguin a la Federació, amb excepció del petroli i tots els carburs d'hidrogens líquids, sòlids i gasosos, així com minerals radioactius.
Proposar a l'Executiu Federal l'establiment d'àrees naturals protegides, i promoure per a la seva administració i vigilància, la participació d'autoritats federals o locals, i d'universitats, centres de recerca i particulars.
Exercir la possessió i propietat de la nació a les platges, zona federal marítim terrestre i terrens bestiars al mar;
Intervenir en fòrums internacionals respecte de les matèries competència de la Secretaria, amb la participació que correspongui a la Secretaria de Relacions Exteriors, i proposar a aquesta la celebració de tractats i acords internacionals en tals matèries;
Promoure l'ordenament ecològic del territori nacional, en coordinació amb les autoritats federals, estatals i municipals, i amb la participació dels particulars;
Avaluar i dictaminar les manifestacions d'impacte ambiental de projectes de desenvolupament que li presentin els sectors públic, social i privat; resoldre sobre els estudis de risc ambiental, així com sobre els programes per a la prevenció d'accidents amb incidència ecològica;
Conduir les polítiques nacionals sobre canvi climàtic i sobre protecció de la capa d'ozó.
Dirigir els estudis, treballs i serveis meteorològics, climatològics, hidrològics i geohidrològics, així com el sistema meteorològic nacional, i participar en els convenis internacionals sobre la matèria.
Regular i vigilar la conservació dels corrents, llacs i llacunes de jurisdicció federal, en la protecció de conques i protegir el medi ambient.
Atorgar contractes, concessions, llicències, permisos, autoritzacions, assignacions, i reconèixer drets, segons correspongui, en matèria d'aigües, forestal, ecològica, explotació de la flora i fauna silvestres, i sobre platges, zona federal marítim terrestre i terrens bestiars al mar;
Per dur a terme aquestes funcions la Secretaria de Medi ambient i Recursos Naturals compta amb les següents unitats:[2]
Subsecretaría de Planeación y Política Ambiental
Subsecretaría de Gestión para la Protección Ambiental
Subsecretaría de Fomento y Normatividad Ambiental.
Subsecretaría de Finanzas de México
Per dur a terme aquestes funcions, la Secretaria compta amb les següents unitats:
Comisión Nacional del Agua
Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático
Procuraduría Federal de Protección al Ambiente
Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas
Comisión Nacional Forestal
Instituto Mexicano de Tecnología del Agua
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
Des de la seva creació el 1982 amb la denominació de Secretaría de Pesca, la secretaria ha tingut els següents canvis de denominació:
Secretaría de Pesca (1982 - 1994)
Secretaría de Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca (1994 - 2000)
Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (2000 -)
Article 32 Bis. H. Congreso de la Unión.«Ley orgánica de la administración pública federal». Arxivat de l'original el 2014-02-26.[Consulta: 19 octubre 2014]. Conforme l'última reforma publicada al Diario Oficial de la Federación 26 de desembre de 2013.