Vaganska pećina je u neposrednoj blizini naselja Vagan, općina Šipovo, Bosna i Hercegovina. Smještena je na sjevernim padinama planine Vitorog, na 920 m n. v. Od Šipova udaljena je 15 km, a od magistralnog puta Šipovo – Kupres svega 300 metara.