На 1 януари 1590 г. Якоб III дава градски права на Емендинген. След смъртта му през 1590 г. Маркграфство Баден-Хахберг отива обратно на най-големия му брат Ернст Фридрих († 1604).
Якоб се жени на 6 септември 1584 г. за богатата наследничка Елизабет от Паландт-Кулемборг (* 1567, † 8 май 1620), дъщеря на граф Флоренц I от Паландт-Кулемборг (1537 – 1598). Те имат децата:
Hans-Jürgen Günther: Jacob III., ein vergessener Emmendinger? Reformation und Gegenreformation in unserer Heimat, in: Emmendinger Heimatkalender 1990, S. 50 – 59
Hans-Jürgen Günther: Markgraf Jacob III. von Baden und Hachberg (1562 – 1590). Das Lebensbild des Stadtbegründers von Emmendingen im Wandel der Jahrhunderte. Sonderdruck aus Badische Heimat 4/1990, Karlsruhe
Hans-Jürgen Günther: Die Sektion des badischen Markgrafen Jacob III. – Der früheste rechtsmedizinische Fall der Universität Freiburg aus dem Jahr 1590, in: Beiträge zur gerichtlichen Medizin, Bd. IL, S. 297 – 305 Wien 1991
Hans-Jürgen Günther: Die Reformation und ihre Kinder – Vater und Sohn Johannes Pistorius Niddanus – eine Doppelbiographie. Niddaer Geschichtsblätter, Heft 2, Nidda 1994;
Hans-Jürgen Günther: Johannes Pistorius Niddanus d.J. – Humanist, Arzt, Historiker, Politiker und Theologe (1546 – 1608), in: Lebensbilder aus Baden-Württemberg, 19. Bd., 109 – 145, Stuttgart 1998.
Hans-Jürgen Günther: Markgraf Jacob III. von Baden (1562 – 1590) – Ein konfessioneller Konflikt und sein Opfer, in: Freiburger Diözesanarchiv 126. Band Dritte Folge, 2006
Hans-Jörg Jenne, Gerhard A. Auer (Hrsg.): Geschichte der Stadt Emmendingen. Band I: Von den Anfängen bis zum Ende des 18. Jahrhunderts. Emmendingen 2006, S. 185 – 278