През 1628 г. графството Изенбург-Бюдинген се образува от подялбата на графство Изенберг. Баща му Волфганг Ернст I разделя графството Изенбург-Бюдинген между петте му синове. Йохан Ернст е по-малък полубрат на Филип Лудвиг I (1593 – 1593), граф на Изенбург-Бюдинген, и на Вилхелм Ото (1597 – 1667), граф на Изенбург-Бюдинген-Бирщайн.
Граф Йохан Ернст I фон Изенбург-Бюдинген умира на 18 октомври 1673 г. в Бюдинген на 48 години.
През 1687 г. графството се разделя отново на специалните (странични) линии „Изенбург-Бюдинген-Бюдинген“, „Изенбург-Бюдинген-Мариенборн“, „Изенбург-Бюдинген-Меерхолц“ и „Изенбург-Бюдинген-Вехтерсбах.“
Филип Ернст (* 28 март 1655, Вехтерсбах; † 22 септември 1672, Марбург от едра шарка на 17 години)
Елизабет Юлиана (* 8 юли 1656, Вехтерсбах; † 16 септември 1656, Бирщайн)
Фридрих Вилхелм (* 27 януари 1658, Вехтерсбах; † 21 юни 1676), убит в битката при Филипсбург на 18 години, погребан в Бюдинген
Волфганг Ернст (* 25 март 1659, Вехтерсбах; † 20 юни 1676, Харбург, Хамбург на 17 години)
Йохан Казимир (* 10 юли 1660 във Вехтерсбах; † 23 септември 1693 в Кулемборг, Нидерландия), граф на Изенбург-Бюдинген в Изенбург (1673 – 1693), женен в Офенбах на 12 април 1685 г. за графиня (1650 – 1692), дъщеря на граф Йохан Лудвиг фон Изенбург-Бюдинген-Офенбах и принцеса Луиза фон Насау-Диленбург
Gustav Simon: Die Geschichte des reichsständischen Hauses Ysenburg und Büdingen, Erster Band, Die Geschichte des Ysenburg-Büdingen’schen Landes, Brönner, Frankfurt, 1865 (Google Books)
Gustav Simon: Die Geschichte des reichsständischen Hauses Ysenburg und Büdingen, Zweiter Band: Die Ysenburg und Büdingen’sche Hausgeschichte, Brönner, Frankfurt, 1865 (Google Books)
Gustav Simon: Die Geschichte des reichsständischen Hauses Ysenburg und Büdingen, Dritter Band: Das Ysenburg und Büdingen’sche Urkundenbuch, Brönner, Frankfurt, 1865 (Google Books)