Клее е роден на 18 декември1879 г. в Мюнхенбухзе, край Берн в Швейцария. Майка му е швейцарка, а баща му – германец, преподавател по музика. Съгласно швейцарското законодателство Клее получава гражданството на баща си. В края на живота си прави опити да получи швейцарско гражданство, но така и не успява.
Паул Клее от малък започва да се занимава с рисуване и музика. Първоначално възнамерява да стане музикант, но по-късно решава да се посвети на изобразителното изкуство. През 1898 г. заминава за Мюнхен, където учи при Хайнрих Книр, а от 1899 г. – в Академията за изящни изкуства при Франц фон Щук. След пътуване до Италия и Берн, той се установява в Мюнхен, където се запознава с Василий Кандински, Франц Марк и други представители на местния авангард. През 1906 г. се жени за пианистката Лили Щумпф, от която има един син.
След Първата световна война, по време на която рисува камуфлажи по самолетите на германската армия, Клее преподава в академията Баухаус във Ваймар и от 1926 г. – Десау, която напуска през 1931 г. и става преподавател в Дюселдорф. След като нацистите вземат властта през 1933 г. и обявяват изкуството му за „изродено“, известният със симпатиите си към левицата Клее заминава за Швейцария.
Около 1935 Паул Клее започва да страда от симптомите на болест, диагностицирана след смъртта му като склеродерма. Умира на 29 юни1940 г. в Муралто.
Schöpferische Konfession. In: Tribüne der Kunst und der Zeit. Eine Schriftensammlung. Hrsg. von Kasimir Edschmid. Reiß, Berlin 1920.
Paul Klee: Die Farbe als Wissenschaft. In: Das Werk. Mitteilungen des Deutschen Werkbundes. Band 1, Berlin/München 1920, Farben-Sonderheft, S.8.
Exakte Versuche im Bereich der Kunst. In: Bauhaus Zeitschrift für Gestaltung 1. 1928[3]
Über die moderne Kunst. Vortrag zur Ausstellung im Kunstverein Jena 1924, erstmals veröffentlicht im Verlag Benteli, Bern-Bümplitz 1945; Palm & Enke, Erlangen 1995, ISBN 3-7896-0550-6, zudem in Spiller I, S.81ff.
Pädagogisches Skizzenbuch. Erstausgabe als Bauhausbuch 2 im Jahr 1925, Neuausgabe Gebr. Mann, Berlin 2003, ISBN 3-7861-1458-7. Педагогически бележник. София: Агата-А, 1996, 60 с.
Das bildnerische Denken. Hrsg. u. bearb. von Jürg Spiller, Schwabe, Basel/Stuttgart 1971.
Unendliche Naturgeschichte. Hrsg. u. bearb. von Jürg Spiller. Schwabe, Basel/Stuttgart 1971.
Schriften, Rezensionen und Aufsätze. Hrsg. von Christian Geelhaar. Köln, 1976.
Beiträge zur bildnerischen Formlehre. Faksimile-Ausgabe. Basel/Stuttgart, 1979.
Gedichte. Hrsg. von Felix Klee. Arche, Zürich 2005 (2.Aufl.), ISBN 3-7160-1650-0.
Дневници и кореспонденция
Tagebücher von Paul Klee 1898 – 1918. Hrsg. von Felix Klee. DuMont, Köln 1957, 1979.
Paul Klee Tagebücher 1898 – 1918. Textkritische Neuedition, hrsg. Paul-Klee-Stiftung, Bearb. Wolfgang Kersten. Stuttgart 1988.
Paul Klee Tagebücher 1898 – 1918. Hrsg. von Felix Klee. Dumont Buchverlag, Köln 2006, ISBN 3-8321-7705-1.
Tagebücher 1898 – 1918 und Texte. Neuausgabe, hrsg. von Felix Klee und Alexander Klee. Dumont Literatur und Kunst Verlag, 2007, ISBN 978-3-8321-7775-1.
„In inniger Freundschaft“: Alexej Jawlensky, Paul und Lily Klee, Marianne Werefkin; der Briefwechsel. Hrsg. vom Zentrum Paul Klee, Bern, und von Stefan Frey. Zürich 2013, ISBN 978-3-909252-14-5.
Wilhelm Hausenstein. Kairuan oder eine Geschichte vom Maler Klee und von der Kunst dieses Zeitalters. München, 1921
Klee F. Paul Klee, his life and work in documents. New York: G. Braziller, 1962
Kagan A. Paul Klee/art & music. Ithaca: Cornell UP, 1983
Franciscono M. Paul Klee: his work and thought. Chicago: University of Chicago Press, 1991
Ferrier J.L. Paul Klee. Paris: Terrail, 1999
Paul Klee: Leben und Werk. Jürgen Glaesemer (Hrsg.). Stuttgart: Hatje Cantz, 2001.
Anger J. Paul Klee and the decorative in modern art. Cambridge; New York: Cambridge UP, 2004
Porter Aichele K. Paul Klee, poet/painter. Rochester: Camden House, 2006
Шевалье Д. Пауль Клее. М.: Слово, 1991
Парч С. Пауль Клее. М.: Арт-Родник; Taschen, 2004
Антонен Арто. Живописец мысли. Анри МишоПриключения линий// Пространство другими словами: Французские поэты XX века об образе в искусстве. СПб: Изд-во Ивана Лимбаха, 2005, с.37 – 38, 66 – 71.