Ернст Якоб фон Валдбург-Цайл се жени на 12 октомври 1702 г. във Виена за Анна Лудовика/Луиза фон Валдбург-Волфег (* 13 септември 1679; † 25 март 1736, Виена), дъщеря на трухсес граф Максимилиан Франц Евзебиус фон Валдбург-Волфег (1641 – 1681) и графиня и алтграфиня Мария Ернестина фон Залм-Райфершайд-Дик (1657 – 1723). Те имат девет деца:[2][3][4][5]
Йозефа Терезия Кайетана Каролина (* 4 ноември 1703; † 5 февруари 1705)
Франц Ернст фон Валдбург-Цайл-Вурцах (* 7 декември 1704; † 5 април 1781), женен на 26 февруари 1729 г. в Именщат, Швабия, за графиня Мария Елеонора фон Кьонигсег-Ротенфелс (* 4 юли 1711; † 15 декември 1766)
Антония Леополдина Франциска Луциана (* 30 октомври 1706; † 26 април 1744, Есен), монахиня в Торн и Есен, декантка в Есен
Мария Анна Йохана Валбурга Кристина (* 20 декември 1710; † 21 май 1780), монахиня в Есен (1722) и в Торн, оберин на Мюнстерайфел
Йозеф Карл Мария Вунибалд Юдас Тадейус (* 15 август 1712, Констанц; † 9 януари 1786, Кьолн), домхер в Щрасбург (1721), канон в Св. Гереон (1738), катедрален сколастикус (1756 – 1761), декан на „Св. Гереон“ (1760 – 1784), дом-декан в Кьолн (1761 – 1767), домкустос в Страсбург (1763), домпропст (1767 – 1786), пропст на „Св. Гереон“ в Кьолн (1784 – 1786)
Мария Анна Терезия Катарина (* 24 февруари 1714; † 30 август 1765), омъжена на 12 декември 1733 г. за граф Лудвиг Ксавер Фугер фон Кирхберг-Вайсенхорн-Щетенфелс (* 18 март 1688; † 16 юни 1746)
Йохан Антон Франц Бернхард Игнациус Вилибалд (* 5 май 1717; † млад ок. 1729)
Йохан Баптист Себастиан Антон Бернхард (* 26 юни 1718; † 16 март 1722)
Мария Анна Фелицитас Кризостома (* 26 юни 1722; † 22 август 1751), омъжена на 15 февруари 1737 г. за граф/принц Антон Рупрехт Франц цу Хоенлое-Бартенщайн (* 13 юни 1709; † 3 април 1745)
Constantin von Wurzbach: Waldburg, das reichsgräfliche Geschlecht, Genealogie. In: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. 52. Theil. Kaiserlich-königliche Hof-und Staatsdruckerei, Wien 1885, S. 168
Herrn Matthäus von Pappenheim, ..., Chronik der Truchsessen von Waldburg, von ihrem Ursprunge bis auf die Zeiten Kaisers Maximilian II. Johann Valentin Mayer, Memmingen 1777
Chronik der Truchsessen von Waldburg, von den Zeiten des Kaisers Maximilian II. bis zu Ende des siebenzehnten Jahrhunderts. Kempten 1785
Constantin von Wurzbach: Waldburg, das reichsgräfliche Geschlecht, Heiraten. In: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. 52. Theil. Kaiserlich-königliche Hof-und Staatsdruckerei, Wien 1885, S. 169 (Digitalisat).
Joseph Vochezer: Geschichte des fuerstlichen Hauses Waldburg in Schwaben, 1888, Bd. 1, S. 379 – 496
Genealogisches Handbuch des Adels: Adelslexikon. Band XII, Band 125 der Gesamtreihe, S. 281 – 285, C. A. Starke Verlag, Limburg (Lahn) 2001, ISSN 0435 – 2408
~Europäische Stammtafeln, J.A. Stargardt Verlag, Marburg, Schwennicke, Detlev (Ed.). 5:164