Saint-Germain-de-Joux ye una comuña francesa del departamentu d'Ain, na rexón d'Auvernia-Ródanu-Alpes. Llenda con Champfromier, Charix, Châtillon-en-Michaille, Échallon, Giron, Le Poizat-Lalleyriat, Montanges, Plagne, Lalleyriat y Valserhône.