نهر جوبا( ‏، ‏، ‏)، هو نهر يتدفق عبر منطقة الحكم الذاتي جوبا لاند، في القسم الجنوبي من الصومال، وتوجد منابعه في أوغادين لكنه يبدأ عند الحدود مع إثيوبيا ، ويتدفق نحو الجنوب الشرقي ليصب في المحيط الهندي، وهو يلتقي مع نهر شبيلى ويصبان بالقرب من مدينة (Goobwyen). يغطي حوض جوبا مساحة 749,000 كيلومتر مربع (289,000 ميل2). سميت ولاية جوبا لاند الصومالية ، التي كانت تسمى سابقًا ترانس جوبا ، على اسم النهر. كما أنه ينبع من جنوبي أوغادين من ثلاث روافد تلتقي عند بلدة (دولو)، ويتجه جنوباً حيث يلتقي بنهر شبيلي ويصبان بالمحيط الهندي. ويقع هذا النهر في منطقة برية طبيعية تعيش بها عدة حيوانات كالغزال والأسود والزرافات وحيوانات وحشية أخرى. تتميز المنطقة بالرطوبة العالية وهطول الأمطار، مما تسبب في فيضان النهر من بينه الفيضان الذي حدث عام 1960 و 1997 و في مايو من عام 2005.