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SARS-CoV-2 (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) est le sigle du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère. Il est parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2[1]. Ce coronavirus hautement pathogène, découvert en dans la ville de Wuhan (province de Hubei, en Chine), est une nouvelle souche de l'espèce de coronavirus SARSr-CoV.
Le SARS-CoV-2 est à l'origine d'une pneumonie atypique émergente, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19). La progression de cette maladie a conduit l'Organisation mondiale de la santé (OMS) à la déclarer urgence de santé publique de portée internationale le , puis pandémie le .
Dans la famille des coronavirus, le SARS-CoV-2 tient une place particulière. Il est semblable aux :
- SARS-CoV-1 et au MERS-Cov, deux coronavirus ayant émergé dans les années 2000, car ils provoquent un Syndrome de Détresse Respiratoire Aiguë (SDRA) et ils sont susceptibles d’infecter les globules blancs qui commandent le système immunitaire : les lymphocytes[2],[3];
- SARS-CoV-1 et NL63 un coronavirus bénin, car le principal récepteur-serrure pour infecter une cellule est l’enzyme ACE2 ;
- Coronavirus bénins NL63, 229E et OC43 car comme eux le SARS-CoV-2 circule sur un mode épidémique, le plus souvent entre janvier et mai dans les zones à climat tempéré, ce qui n’est pas le cas du SARS-CoV-1 et du MERS[4] ;
- le HCov-OC43 car comme lui le SARS-CoV-2 peut se transporter via les neurones pour infecter d'autres organes[5],[6] ;
- le coronavirus de l'hépatite murine, le pathogène le plus important et le plus étudié des souris de laboratoire, car tous les deux peuvent infecter des cellules en formant des syncytia[7],[8]
- le FCoV, le coronavirus du chat, car le SARS-CoV-2 et le FCoV peuvent se reproduire activement dans les macrophages qui sont des globules blancs.[9]
Si le MERS-Cov et SARS-CoV-1 sont susceptibles d’infecter les lymphocytes en revanche ils sont incapables de les reprogrammer pour se répliquer. Ce n’est pas le cas du SARS-CoV-2 qui peut se répliquer dans les lymphocytes T et les lymphocytes B [10],[11]. Or peu de virus ont cette capacité de se répliquer dans les lymphocytes. Le plus souvent ces virus ne sont jamais véritablement éliminés par l’organisme, mais l’infection peut être asymptomatique comme dans le cas de la mononucléose [12] ou de la dengue[13] si ces virus ne se découvrent pas un tropisme particulier pour les globules blancs. La rougeole, qui ne s’attrape qu’une fois, se réplique également dans les lymphocytes et provoque une « amnésie immunitaire »[14],[15]. D’autres virus capables d'attaquer les lymphocytes sont plus lents et vicieux comme le VIH.
L'origine du SARS-CoV-2 est encore incertaine. Le réservoir animal se trouve chez la chauve-souris chinoise Rhinolophus affinis. Son adaptation à l'humain pourrait être dû à un animal servant d'hôte intermédiaire ou à des expériences en laboratoire.